Endoplasmic reticulum-localized TurboID-mediated labelling reveals distinct secretome profiles of MCF-10A and MDA-MB-231 cells
Öz
Breast cancer is one of the most prevalent cancers and the leading causes of cancer-related deaths. The lack of reliable biomarkers for accurate subtyping and early diagnosis continues to hinder early detection and treatment. Secretome proteins represent an accessible and valuable source of biomarkers due to their roles in cell communication, signalling and shaping the extracellular microenvironment. In this study, secretome proteins from two cell lines, MCF-10A and MDA-MB-231, representing healthy and aggressive breast cells, respectively, were labelled with ER-localized TurboID-mediated enzymatic biotinylation approach at the endoplasmic reticulum. The biotinylated samples were enriched using streptavidin-coated magnetic beads and analysed by label-free quantitation using nHPLC LC-MS/MS. The regulated proteins were subjected to bioinformatics analyses using STRING and g:Profiler tools to identify candidate biomarkers. Proteomic analysis identified 206 proteins, with approximately 82% belonged to secretome proteins. Among them, 65 were differentially regulated which were associated with hydrolytic activity, cell adhesion, and lipid metabolism. CST1, APOC1, and POSTN had previously been associated with cancer, while TEX10, LZIC, and PSMA3 were implicated in breast cancer for the first time. Our findings demonstrates extensive secretome remodelling in invasive breast cancer cells, unveiling potential secreted biomarker candidates that may improve breast cancer diagnosis and treatment strategies.
Anahtar Kelimeler
Etik Beyan
Our study, titled “Endoplasmic reticulum-localized TurboID-mediated labelling reveals distinct secretome profiles of MCF-10A and MDA-MB-231 cells,” was performed using commercially available human cell lines (MCF-10A and MDA-MB-231) obtained from international cell repositories. Because the research did not involve any human or animal subjects, tissue collection, or voluntary participation, ethical approval was not required for this study.
Destekleyen Kurum
The study received no financial or institutional support from any organization
Kaynakça
- Bray F., Laversanne M., Sung H., Ferlay J., Siegel R.L., Soerjomataram I., Jemal A., Global cancer statistic 2022: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries, CA: a cancer journal for clinicians, 74:229-263, (2024).
- Chen S., Cao Z., Prettner K., Kuhn M., Yang J., Jiao L., Wang Z., Li W., Geldsetzer P., Bärnighausen T., Bloom D.E., Wang C., Estimates and Projections of the Global Economic Cost of 29 Cancers in 204 Countries and Territories From 2020 to 2050, JAMA Oncology, 9:465-472, (2023).
- Wilkinson L., Gathani T., Understanding breast cancer as a global health concern, British Journal of Radiology, 95:20211033, (2022).
- Shiovitz S., Korde L.A., Genetics of breast cancer: a topic in evolution, Annals of Oncology, 26:1291-1299, (2015).
- Sun Y.S., Zhao Z., Yang Z.N., Xu F., Lu H.J., Zhu Z.Y., Shi W., Jiang J., Yao P.P., Zhu H.P., Risk Factors and Preventions of Breast Cancer, International Journal of Biological Sciences, 13:1387-1397, (2017).
- Siegel R.L., Miller K.D., Fuchs H.E., Jemal A., Cancer statistics, 2022, CA: A Cancer Journal for Clinicians, 72:7-33, (2022).
- Iqbal N., Iqbal N., Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2) in Cancers: Overexpression and Therapeutic Implications, Molecular Biology International, 2014:852748, (2014).
- Ahmad A., Imran M., Ahsan H., Biomarkers as Biomedical Bioindicators: Approaches and Techniques for the Detection, Analysis, and Validation of Novel Biomarkers of Diseases, Pharmaceutics, 15:1630, (2023).
- Xue H., Lu B., Lai M., The cancer secretome: a reservoir of biomarkers, Journal of Translational Medicine, 6:52, (2008).
- Shama A., Soni T., Jawanda I.K., Upadhyay G., Sharma A., Prabha V., The Latest Developments in Using Proteomic Biomarkers from Urine and Serum for Non-Invasive Disease Diagnosis and Prognosis, Biomarker Insights, 18:11772719231190218, (2023).
- Liu W., Wang Q., Chang J., Bhetuwal A., Bhattarai N., Zhang F., Tang J., Serum proteomics unveil characteristic protein diagnostic biomarkers and signaling pathways in patients with esophageal squamous cell carcinoma, Clinical Proteomics, 19:18, (2022).
- Xue C., Yang B., Fu L., Hou H., Qiang J., Zhou C., Gao Y., Mao Z., Urine biomarkers can outperform serum biomarkers in certain diseases, Urine, 5:57-64, (2023).
- Droujinine I.A., Meyer A.S., Wang D., Udeshi N.D., Hu Y., Rocco D., McMahon J.A., Yang R., Guo J., Mu L., Carey D.K., Svinkina T., Zeng R., Branon T., Tabatabai A., Bosch J.A., Asara J.M., Ting A.Y., Carr S.A., McMahon A.P., Perrimon N., Proteomics of protein trafficking by in vivo tissue-specific labelling, Nature Communications, 12:2382, (2021).
- Sarihan M., Kasap M., Akpinar G., Streamlined Biotinylation, Enrichment and Analysis for Enhanced Plasma Membrane Protein Identification Using TurboID and TurboID-Start Biotin Ligases, Journal of Membrane Biology, 257:91-105, (2024).
- Cho K.F., Branon T.C., Rajeev S., Svinkina T., Udeshi N.D., Thoudam T., Kwak C., Rhee H.W., Lee I.K., Carr S.A., Ting A.Y., Split-TurboID enables contact-dependent proximity labeling in cells, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 117:12143-12154, (2020).
- Rencber S.F., Yazır Y., Sarıhan M., Sezer Z., Korun Z.E.U., Ozturk A., Duruksu G., Guzel E., Akpınar G., Corakci A., Endoplasmic reticulum stress of endometrial mesenchymal stem cells in endometriosis, Tissue and Cell, 91:102544, (2024).
- Xiong X., Zheng L.W., Ding Y., Chen Y.F., Cai Y.W., Wang L.P., Huang L., Liu C.C., Shao Z.M., Yu K.D., Breast cancer: pathogenesis and treatments, Signal Transduction and Targeted Therapy, 10:49, (2025).
- Li J., Guan X., Fan Z., Ching L-M., Li Y., Wang X., Cao W-M., Liu D-X., Non-Invasive Biomarkers for Early Detection of Breast Cancer, Cancers, 12:2767, (2020).
- Beutgen V.M., Shinkevich V., Pörschke J., Meena C., Steitz A.M., Pogge von Strandmann E., Graumann J., Gómez-Serrano M., Secretome Analysis Using Affinity Proteomics and Immunoassays: A Focus on Tumor Biology, Molecular & Cellular Proteomics, 23:100830, (2024).
- Capece D., D'Andrea D., Begalli F., Goracci L., Tornatore L., Alexander J.L., Di Veroli A., Leow S.C., Vaiyapuri T.S., Ellis J.K., Verzella D., Bennett J., Savino L., Ma Y., McKenzie J.S., Doria M.L., Mason S.E., Chng K.R., Keun H.C., Frost G., Tergaonkar V., Broniowska K., Stunkel W., Takats Z., Kinross J.M., Cruciani G., Franzoso G., Enhanced triacylglycerol catabolism by carboxylesterase 1 promotes aggressive colorectal carcinoma, The Journal of Clinical Investigation, 131, (2021).
- Staege M.S., Hesse M., Max D., Lipases and Related Molecules in Cancer, Cancer Growth and Metastasis, 3:CGM.S2816, (2010).
- Shields D.J., Niessen S., Murphy E.A., Mielgo A., Desgrosellier J.S., Lau S.K., Barnes L.A., Lesperance J., Bouvet M., Tarin D., Cravatt B.F., Cheresh D.A., RBBP9: a tumor-associated serine hydrolase activity required for pancreatic neoplasia, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 107:2189-2194, (2010).
- Stanford S.M., Bottini N., Targeting protein phosphatases in cancer immunotherapy and autoimmune disorders, Nature Reviews Drug Discovery, 22:273-294, (2023).
- Popova N.V., Jücker M., The Functional Role of Extracellular Matrix Proteins in Cancer, Cancers, 14, (2022).
- Wang S., Böhnert V., Joseph A.J., Sudaryo V., Swinderman J., Yu F.B., Lyu X., Skariah G., Subramanyam V., Gilbert L.A., Goodarzi H., Lingyin L., ENPP1 is an innate immune checkpoint of the anticancer cGAMP-STING pathway, bioRxiv, (2023).
- Mardjuki R., Wang S., Carozza J.A., Abhiraman G.C., Lyu X., Li L., Identification of extracellular membrane protein ENPP3 as a major cGAMP hydrolase, cementing cGAMP's role as an immunotransmitter, bioRxiv, (2024).
- Tang X., Alothaim T., Charbonneau M., Recurrent triple-negative breast cancer from cysteine deprivation loses tumorigenicity via downregulation of the CST4 signaling, Research Square, (2022).
- Dai D.N., Li Y., Chen B., Du Y., Li S.B., Lu S.X., Zhao Z.P., Zhou A.J., Xue N., Xia T.L., Zeng M.S., Zhong Q., Wei W.D., Elevated expression of CST1 promotes breast cancer progression and predicts a poor prognosis, Journal of Molecular Medicine, 95:873-886, (2017).
- Zhang H., Wang Y., Liu C., Li W., Zhou F., Wang X., Zheng J., The Apolipoprotein C1 is involved in breast cancer progression via EMT and MAPK/JNK pathway, Pathology - Research and Practice, 229:153746, (2022).
- Khalafi-Nezhad A., Barazesh M., Abdollahi A., Kheiri N., Amani M., Potential of Serum ApoC1 as a Noninvasive Biomarker for Breast Cancer Detection and Prognosis: A Prospective Case-Control Study, Cancer Reports (Hoboken, N.J.), 8:e70359, (2025).
- Bademler S., Ucuncu M.Z., Tilgen Vatansever C., Serilmez M., Ertin H., Karanlık H., Diagnostic and Prognostic Significance of Carboxypeptidase A4 (CPA4) in Breast Cancer, Biomolecules, 9, (2019).
- Sut B.B., Keles A.İ., Prognostic and Predictive Significance of Eukaryotic Elongation Factor 1D (eEF1D) in Breast Cancer: A Potential Marker of Response to Endocrine Therapy, Oncologie, 22:147-154, (2020).
- Rebecca V.W., Nicastri M.C., Fennelly C., Chude C.I., Barber-Rotenberg J.S., Ronghe A., McAfee Q., McLaughlin N.P., Zhang G., Goldman A.R., Ojha R., Piao S., Noguera-Ortega E., Martorella A., Alicea G.M., Lee J.J., Schuchter L.M., Xu X., Herlyn M., Marmorstein R., Gimotty P.A., Speicher D.W., Winkler J.D., Amaravadi R.K., PPT1 Promotes Tumor Growth and Is the Molecular Target of Chloroquine Derivatives in Cancer, Cancer Discovery, 9:220-229, (2019).
- Kadalayil L., Khan S., Nevanlinna H., Fasching P.A., Couch F.J., Hopper J.L., Liu J., Maishman T., Durcan L., Gerty S., Blomqvist C., Rack B., Janni W., Collins A., Eccles D., Tapper W., Germline variation in ADAMTSL1 is associated with prognosis following breast cancer treatment in young women, Nature Communications, 8:1632, (2017).
- He Q., Hu J., Ngo F.Y., Zhang H., He L., Huang H., Wu T., Pan Y., Yang Z., Jiang Y., Cho W.C., Cheuk W., Tse G.M., Tsang J.Y., Yang M., Zhang L., Wang X., Lo P.C., Lau C.G., Chin Y.R., Targeting TUBB2B inhibits triple-negative breast cancer growth and brain-metastatic colonization, Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, 44:55, (2025).
- Khalafi-Nezhad A., Barazesh M., Abdollahi A., Kheiri N., Amani M., Potential of Serum ApoC1 as a Noninvasive Biomarker for Breast Cancer Detection and Prognosis: A Prospective Case–Control Study, Cancer Reports, 8:e70359, (2025).
- Zhu M., Liu N., Lin J., Wang J., Lai H., Liu Y., HDAC7 inhibits cell proliferation via NudCD1/GGH axis in triple-negative breast cancer, Oncology Letters, 25:33, (2023).
- Zhang Y., Tian J., Qu C., Peng Y., Lei J., Li K., Zong B., Sun L., Liu S., Overexpression of SERPINA3 promotes tumor invasion and migration, epithelial-mesenchymal-transition in triple-negative breast cancer cells, Breast Cancer, 28:859-873, (2021).
- Han B., Zhen F., Sun Y., Sun B., Wang H.Y., Liu W., Huang J., Liang X., Wang Y.R., Chen X.S., Li S.J., Hu J., Tumor suppressor KEAP1 promotes HSPA9 degradation, controlling mitochondrial biogenesis in breast cancer, Cell Reports, 43:114507, (2024).
- Smirnova T., Bonapace L., MacDonald G., Kondo S., Wyckoff J., Ebersbach H., Fayard B., Doelemeyer A., Coissieux M.M., Heideman M.R., Bentires-Alj M., Hynes N.E., Serpin E2 promotes breast cancer metastasis by remodeling the tumor matrix and polarizing tumor associated macrophages, Oncotarget, 7:82289-82304, (2016).
- Loh C.Y., Chai J.Y., Tang T.F., Wong W.F., Sethi G., Shanmugam M.K., Chong P.P., Looi C.Y., The E-Cadherin and N-Cadherin Switch in Epithelial-to-Mesenchymal Transition: Signaling, Therapeutic Implications, and Challenge, Cells, 8, (2019).
- Rajkumar S.D., Gunabooshanam B., Joseph L.D., D'Cruze L., Utility of immunohistochemical expression of E-cadherin in colorectal carcinoma, Prz Gastroenterol, 17:59-66, (2022).
- Venhuizen J.H., Jacobs F.J.C., Span P.N., Zegers M.M., P120 and E-cadherin: Double-edged swords in tumor metastasis, Seminars in Cancer Biology, 60:107-120, (2020).
- Yang F., Liu X.Q., He J.Z., Xian S.P., Yang P.F., Mai Z.Y., Li M., Liu Y., Zhang X.D., Occludin facilitates tumour angiogenesis in bladder cancer by regulating IL8/STAT3 through STAT4, Journal of Cellular and Molecular Medicine, 26:2363-2376, (2022).
- Shirkoohi R., Ghoojaei M., Saffari M., Emamirazavi A., Hashemi M., Decrement of Transcriptome Level in Epithelial Tight Junction Claudin and Occludin as an Epithelial-Mesenchymal Transition Signature for Colorectal Cancer Biomarker, Galen Medical Journal, 11:e2350, (2022).
- Lin C.H., Huang R.Y.J., Lu T.P., Kuo K.T., Lo K.Y., Chen C.H., Chen I.C., Lu Y.S., Chuang E.Y., Thiery J.P., Huang C.S., Cheng A.L., High prevalence of APOA1/C3/A4/A5 alterations in luminal breast cancers among young women in East Asia, npj Breast Cancer, 7:88, (2021).
- Chaudhary S., Appadurai M.I., Maurya S.K., Nallasamy P., Marimuthu S., Shah A., Atri P., Ramakanth C.V., Lele S.M., Seshacharyulu P., Ponnusamy M.P., Nasser M.W., Ganti A.K., Batra S.K., Lakshmanan I., MUC16 promotes triple-negative breast cancer lung metastasis by modulating RNA-binding protein ELAVL1/HUR, Breast Cancer Research, 25:25, (2023).
- Ratajczak-Wielgomas K., Grzegrzolka J., Piotrowska A., Matkowski R., Wojnar A., Rys J., Ugorski M., Dziegiel P., Expression of periostin in breast cancer cells, International Journal of Oncology, 51:1300-1310, (2017).
- Yang J., Niu H., Huang Y., Yang K., A Systematic Analysis of the Relationship of CDH13 Promoter Methylation and Breast Cancer Risk and Prognosis, PLoS One, 11:e0149185, (2016).
- Fico F., Santamaria-Martínez A., TGFBI modulates tumour hypoxia and promotes breast cancer metastasis, Molecular Oncology, 14:3198-3210, (2020).
- Fukui F., Hayashi S., Yamaguchi Y., Heregulin controls ERα and HER2 signaling in mammospheres of ERα-positive breast cancer cells and interferes with the efficacy of molecular targeted therapy, The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology, 201:105698, (2020).
- Zuo C., Liu Y., Wang Z., Chen H., Wang Y., Qiao Y., α-L-fucosidase isoenzymes (FUCA1/FUCA2) as prognostic markers in gliomas: a comprehensive study, BMC Cancer, 25:1511, (2025).
- Bäumges H., Jelinek S., Lange H., Markmann S., Capriotti E., Häusser J.A., Ilse M.B., Braulke T., Deciphering α-L-Fucosidase Activity Contribution in Human and Mouse: Tissue α-L-Fucosidase FUCA1 Meets Plasma α-L-Fucosidase FUCA2, Cells, 14:1355, (2025).
- Hu Y., Tang D., Zhang P., Prognostic and immunological role of alpha-L-fucosidase 2 (FUCA2) in hepatocellular carcinoma, Translational Cancer Research, 12:257-272, (2023).
- Ren L., Yi J., Li W., Zheng X., Liu J., Wang J., Du G., Apolipoproteins and cancer, Cancer Medicine, 8:7032-7043, (2019).
- Deng C.F., Zhu N., Zhao T.J., Li H.F., Gu J., Liao D.F., Qin L., Involvement of LDL and ox-LDL in Cancer Development and Its Therapeutical Potential, Frontiers in Oncology, 12:803473, (2022).
- Ossoli A., Wolska A., Remaley A.T., Gomaraschi M., High-density lipoproteins: A promising tool against cancer, Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular and Cell Biology of Lipids, 1867:159068, (2022).
- Pirro M., Ricciuti B., Rader D.J., Catapano A.L., Sahebkar A., Banach M., High density lipoprotein cholesterol and cancer: Marker or causative?, Progress in Lipid Research, 71:54-69, (2018).
- Deangeli G., Spillantini M.G., Liò P., Proteomizer: Leveraging the Transcriptome-Proteome Mismatch to Infer Novel Gene Regulatory Relations, bioRxiv, (2025).
- Chorlton S.D., Ten common issues with reference sequence databases and how to mitigate them, Frontiers in Bioinformatics, 4:1278228, (2024).
- Bouadjenek M.R., Verspoor K., Zobel J., Literature consistency of bioinformatics sequence databases is effective for assessing record quality, Database (Oxford), (2017).
Endoplazmik retikuluma lokalize edilen TurboID aracılı işaretleme ile MCF-10A ve MDA-MB-231 hücrelerine ait sekretom profillerinin belirlenmesi
Öz
Meme kanseri, insidansı en yüksek olan kanser türlerinden biri olup, kanser kaynaklı ölümlerin başlıca nedenleri arasındadır. Alt tiplerin doğru sınıflandırılması ve erken tanı için güvenilir biyobelirteçlerin eksikliği, hastalığın erken teşhis ve tedavisini güçleştirmektedir. Hücre iletişimi, sinyal iletimi ve hücre dışı mikroçevrenin şekillenmesindeki rolleri nedeniyle sekretom proteinleri, biyobelirteç keşfi açısından erişilebilir ve değerli bir kaynaktır. Bu çalışmada, sağlıklı (MCF-10A) ve invaziv (MDA-MB-231) meme epitel hücre hatlarının sekretom proteinleri, endoplasmik retikuluma-lokalize edilen TurboID biyotin ligaz aracılı enzimatik biyotinilasyon yöntemiyle işaretlenmiştir. Etiketlenen proteinler streptavidin-kaplı manyetik boncuklar yardımı ile zenginleştirildikten sonra, etiketsiz miktar tayini için nHPLC LC-MS/MS yöntemi ile analiz edilmiştir. Anlamlı regülasyon gösteren proteinler STRING ve g:Profiler araçlarıyla biyoinformatik analizlere tabi tutulara biyobelirteç adayları belirlenmeye çalışılmıştır. Analizler sonucu toplam 206 protein tanımlanmış olup, bunların yaklaşık %82’si sekretom proteinleri içerine dahildir. Belirlenen bu proteinlerin 65 tanesinin gruplar arasında anlamlı farklılık gösterdiği ve bunların özellikle hidrolitik aktivite, hücre adezyonu ve lipid metabolizmasıyla ilişkili olduğu belirlenmiştir. Bu proteinlerden; CST1, APOC1 ve POSTN daha önce kanserle ilişkilendirilmişken, TEX10, LZIC ve PSMA3 ilk kez meme kanseriyle ilişkilendirilmiştir. Bulgularımız, invaziv meme kanseri hücrelerinde kapsamlı bir sekretom analizini ortaya koymuş ve meme kanseri tanı ve tedavi stratejilerini kullanılabilecek biyobelirteç adaylarının potansiyelleri sekretom düzeyinde değerlendirilmiştir.
Anahtar Kelimeler
Etik Beyan
"Endoplasmic reticulum-localized TurboID-mediated labelling reveals distinct secretome profiles of MCF-10A and MDA-MB-231 cells" başlıklı çalışmamız uluslararası hücre bankalarından ticari olarak temin edilen ve önceden tanımlanmış insan kökenli hücre hatları (MCF-10A ve MDA-MB-231) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Çalışmada herhangi bir insan veya hayvan örneği kullanımı, doku alımı ya da gönüllü katılımı söz konusu olmaması sebebiyle çalışmamızın etik kurul izni gerektirmemektedir
Destekleyen Kurum
Çalışma herhangi bir kurum ya da kuruluş tarafında desteklenmemiştir.
Kaynakça
- Bray F., Laversanne M., Sung H., Ferlay J., Siegel R.L., Soerjomataram I., Jemal A., Global cancer statistic 2022: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries, CA: a cancer journal for clinicians, 74:229-263, (2024).
- Chen S., Cao Z., Prettner K., Kuhn M., Yang J., Jiao L., Wang Z., Li W., Geldsetzer P., Bärnighausen T., Bloom D.E., Wang C., Estimates and Projections of the Global Economic Cost of 29 Cancers in 204 Countries and Territories From 2020 to 2050, JAMA Oncology, 9:465-472, (2023).
- Wilkinson L., Gathani T., Understanding breast cancer as a global health concern, British Journal of Radiology, 95:20211033, (2022).
- Shiovitz S., Korde L.A., Genetics of breast cancer: a topic in evolution, Annals of Oncology, 26:1291-1299, (2015).
- Sun Y.S., Zhao Z., Yang Z.N., Xu F., Lu H.J., Zhu Z.Y., Shi W., Jiang J., Yao P.P., Zhu H.P., Risk Factors and Preventions of Breast Cancer, International Journal of Biological Sciences, 13:1387-1397, (2017).
- Siegel R.L., Miller K.D., Fuchs H.E., Jemal A., Cancer statistics, 2022, CA: A Cancer Journal for Clinicians, 72:7-33, (2022).
- Iqbal N., Iqbal N., Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2) in Cancers: Overexpression and Therapeutic Implications, Molecular Biology International, 2014:852748, (2014).
- Ahmad A., Imran M., Ahsan H., Biomarkers as Biomedical Bioindicators: Approaches and Techniques for the Detection, Analysis, and Validation of Novel Biomarkers of Diseases, Pharmaceutics, 15:1630, (2023).
- Xue H., Lu B., Lai M., The cancer secretome: a reservoir of biomarkers, Journal of Translational Medicine, 6:52, (2008).
- Shama A., Soni T., Jawanda I.K., Upadhyay G., Sharma A., Prabha V., The Latest Developments in Using Proteomic Biomarkers from Urine and Serum for Non-Invasive Disease Diagnosis and Prognosis, Biomarker Insights, 18:11772719231190218, (2023).
- Liu W., Wang Q., Chang J., Bhetuwal A., Bhattarai N., Zhang F., Tang J., Serum proteomics unveil characteristic protein diagnostic biomarkers and signaling pathways in patients with esophageal squamous cell carcinoma, Clinical Proteomics, 19:18, (2022).
- Xue C., Yang B., Fu L., Hou H., Qiang J., Zhou C., Gao Y., Mao Z., Urine biomarkers can outperform serum biomarkers in certain diseases, Urine, 5:57-64, (2023).
- Droujinine I.A., Meyer A.S., Wang D., Udeshi N.D., Hu Y., Rocco D., McMahon J.A., Yang R., Guo J., Mu L., Carey D.K., Svinkina T., Zeng R., Branon T., Tabatabai A., Bosch J.A., Asara J.M., Ting A.Y., Carr S.A., McMahon A.P., Perrimon N., Proteomics of protein trafficking by in vivo tissue-specific labelling, Nature Communications, 12:2382, (2021).
- Sarihan M., Kasap M., Akpinar G., Streamlined Biotinylation, Enrichment and Analysis for Enhanced Plasma Membrane Protein Identification Using TurboID and TurboID-Start Biotin Ligases, Journal of Membrane Biology, 257:91-105, (2024).
- Cho K.F., Branon T.C., Rajeev S., Svinkina T., Udeshi N.D., Thoudam T., Kwak C., Rhee H.W., Lee I.K., Carr S.A., Ting A.Y., Split-TurboID enables contact-dependent proximity labeling in cells, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 117:12143-12154, (2020).
- Rencber S.F., Yazır Y., Sarıhan M., Sezer Z., Korun Z.E.U., Ozturk A., Duruksu G., Guzel E., Akpınar G., Corakci A., Endoplasmic reticulum stress of endometrial mesenchymal stem cells in endometriosis, Tissue and Cell, 91:102544, (2024).
- Xiong X., Zheng L.W., Ding Y., Chen Y.F., Cai Y.W., Wang L.P., Huang L., Liu C.C., Shao Z.M., Yu K.D., Breast cancer: pathogenesis and treatments, Signal Transduction and Targeted Therapy, 10:49, (2025).
- Li J., Guan X., Fan Z., Ching L-M., Li Y., Wang X., Cao W-M., Liu D-X., Non-Invasive Biomarkers for Early Detection of Breast Cancer, Cancers, 12:2767, (2020).
- Beutgen V.M., Shinkevich V., Pörschke J., Meena C., Steitz A.M., Pogge von Strandmann E., Graumann J., Gómez-Serrano M., Secretome Analysis Using Affinity Proteomics and Immunoassays: A Focus on Tumor Biology, Molecular & Cellular Proteomics, 23:100830, (2024).
- Capece D., D'Andrea D., Begalli F., Goracci L., Tornatore L., Alexander J.L., Di Veroli A., Leow S.C., Vaiyapuri T.S., Ellis J.K., Verzella D., Bennett J., Savino L., Ma Y., McKenzie J.S., Doria M.L., Mason S.E., Chng K.R., Keun H.C., Frost G., Tergaonkar V., Broniowska K., Stunkel W., Takats Z., Kinross J.M., Cruciani G., Franzoso G., Enhanced triacylglycerol catabolism by carboxylesterase 1 promotes aggressive colorectal carcinoma, The Journal of Clinical Investigation, 131, (2021).
- Staege M.S., Hesse M., Max D., Lipases and Related Molecules in Cancer, Cancer Growth and Metastasis, 3:CGM.S2816, (2010).
- Shields D.J., Niessen S., Murphy E.A., Mielgo A., Desgrosellier J.S., Lau S.K., Barnes L.A., Lesperance J., Bouvet M., Tarin D., Cravatt B.F., Cheresh D.A., RBBP9: a tumor-associated serine hydrolase activity required for pancreatic neoplasia, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 107:2189-2194, (2010).
- Stanford S.M., Bottini N., Targeting protein phosphatases in cancer immunotherapy and autoimmune disorders, Nature Reviews Drug Discovery, 22:273-294, (2023).
- Popova N.V., Jücker M., The Functional Role of Extracellular Matrix Proteins in Cancer, Cancers, 14, (2022).
- Wang S., Böhnert V., Joseph A.J., Sudaryo V., Swinderman J., Yu F.B., Lyu X., Skariah G., Subramanyam V., Gilbert L.A., Goodarzi H., Lingyin L., ENPP1 is an innate immune checkpoint of the anticancer cGAMP-STING pathway, bioRxiv, (2023).
- Mardjuki R., Wang S., Carozza J.A., Abhiraman G.C., Lyu X., Li L., Identification of extracellular membrane protein ENPP3 as a major cGAMP hydrolase, cementing cGAMP's role as an immunotransmitter, bioRxiv, (2024).
- Tang X., Alothaim T., Charbonneau M., Recurrent triple-negative breast cancer from cysteine deprivation loses tumorigenicity via downregulation of the CST4 signaling, Research Square, (2022).
- Dai D.N., Li Y., Chen B., Du Y., Li S.B., Lu S.X., Zhao Z.P., Zhou A.J., Xue N., Xia T.L., Zeng M.S., Zhong Q., Wei W.D., Elevated expression of CST1 promotes breast cancer progression and predicts a poor prognosis, Journal of Molecular Medicine, 95:873-886, (2017).
- Zhang H., Wang Y., Liu C., Li W., Zhou F., Wang X., Zheng J., The Apolipoprotein C1 is involved in breast cancer progression via EMT and MAPK/JNK pathway, Pathology - Research and Practice, 229:153746, (2022).
- Khalafi-Nezhad A., Barazesh M., Abdollahi A., Kheiri N., Amani M., Potential of Serum ApoC1 as a Noninvasive Biomarker for Breast Cancer Detection and Prognosis: A Prospective Case-Control Study, Cancer Reports (Hoboken, N.J.), 8:e70359, (2025).
- Bademler S., Ucuncu M.Z., Tilgen Vatansever C., Serilmez M., Ertin H., Karanlık H., Diagnostic and Prognostic Significance of Carboxypeptidase A4 (CPA4) in Breast Cancer, Biomolecules, 9, (2019).
- Sut B.B., Keles A.İ., Prognostic and Predictive Significance of Eukaryotic Elongation Factor 1D (eEF1D) in Breast Cancer: A Potential Marker of Response to Endocrine Therapy, Oncologie, 22:147-154, (2020).
- Rebecca V.W., Nicastri M.C., Fennelly C., Chude C.I., Barber-Rotenberg J.S., Ronghe A., McAfee Q., McLaughlin N.P., Zhang G., Goldman A.R., Ojha R., Piao S., Noguera-Ortega E., Martorella A., Alicea G.M., Lee J.J., Schuchter L.M., Xu X., Herlyn M., Marmorstein R., Gimotty P.A., Speicher D.W., Winkler J.D., Amaravadi R.K., PPT1 Promotes Tumor Growth and Is the Molecular Target of Chloroquine Derivatives in Cancer, Cancer Discovery, 9:220-229, (2019).
- Kadalayil L., Khan S., Nevanlinna H., Fasching P.A., Couch F.J., Hopper J.L., Liu J., Maishman T., Durcan L., Gerty S., Blomqvist C., Rack B., Janni W., Collins A., Eccles D., Tapper W., Germline variation in ADAMTSL1 is associated with prognosis following breast cancer treatment in young women, Nature Communications, 8:1632, (2017).
- He Q., Hu J., Ngo F.Y., Zhang H., He L., Huang H., Wu T., Pan Y., Yang Z., Jiang Y., Cho W.C., Cheuk W., Tse G.M., Tsang J.Y., Yang M., Zhang L., Wang X., Lo P.C., Lau C.G., Chin Y.R., Targeting TUBB2B inhibits triple-negative breast cancer growth and brain-metastatic colonization, Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, 44:55, (2025).
- Khalafi-Nezhad A., Barazesh M., Abdollahi A., Kheiri N., Amani M., Potential of Serum ApoC1 as a Noninvasive Biomarker for Breast Cancer Detection and Prognosis: A Prospective Case–Control Study, Cancer Reports, 8:e70359, (2025).
- Zhu M., Liu N., Lin J., Wang J., Lai H., Liu Y., HDAC7 inhibits cell proliferation via NudCD1/GGH axis in triple-negative breast cancer, Oncology Letters, 25:33, (2023).
- Zhang Y., Tian J., Qu C., Peng Y., Lei J., Li K., Zong B., Sun L., Liu S., Overexpression of SERPINA3 promotes tumor invasion and migration, epithelial-mesenchymal-transition in triple-negative breast cancer cells, Breast Cancer, 28:859-873, (2021).
- Han B., Zhen F., Sun Y., Sun B., Wang H.Y., Liu W., Huang J., Liang X., Wang Y.R., Chen X.S., Li S.J., Hu J., Tumor suppressor KEAP1 promotes HSPA9 degradation, controlling mitochondrial biogenesis in breast cancer, Cell Reports, 43:114507, (2024).
- Smirnova T., Bonapace L., MacDonald G., Kondo S., Wyckoff J., Ebersbach H., Fayard B., Doelemeyer A., Coissieux M.M., Heideman M.R., Bentires-Alj M., Hynes N.E., Serpin E2 promotes breast cancer metastasis by remodeling the tumor matrix and polarizing tumor associated macrophages, Oncotarget, 7:82289-82304, (2016).
- Loh C.Y., Chai J.Y., Tang T.F., Wong W.F., Sethi G., Shanmugam M.K., Chong P.P., Looi C.Y., The E-Cadherin and N-Cadherin Switch in Epithelial-to-Mesenchymal Transition: Signaling, Therapeutic Implications, and Challenge, Cells, 8, (2019).
- Rajkumar S.D., Gunabooshanam B., Joseph L.D., D'Cruze L., Utility of immunohistochemical expression of E-cadherin in colorectal carcinoma, Prz Gastroenterol, 17:59-66, (2022).
- Venhuizen J.H., Jacobs F.J.C., Span P.N., Zegers M.M., P120 and E-cadherin: Double-edged swords in tumor metastasis, Seminars in Cancer Biology, 60:107-120, (2020).
- Yang F., Liu X.Q., He J.Z., Xian S.P., Yang P.F., Mai Z.Y., Li M., Liu Y., Zhang X.D., Occludin facilitates tumour angiogenesis in bladder cancer by regulating IL8/STAT3 through STAT4, Journal of Cellular and Molecular Medicine, 26:2363-2376, (2022).
- Shirkoohi R., Ghoojaei M., Saffari M., Emamirazavi A., Hashemi M., Decrement of Transcriptome Level in Epithelial Tight Junction Claudin and Occludin as an Epithelial-Mesenchymal Transition Signature for Colorectal Cancer Biomarker, Galen Medical Journal, 11:e2350, (2022).
- Lin C.H., Huang R.Y.J., Lu T.P., Kuo K.T., Lo K.Y., Chen C.H., Chen I.C., Lu Y.S., Chuang E.Y., Thiery J.P., Huang C.S., Cheng A.L., High prevalence of APOA1/C3/A4/A5 alterations in luminal breast cancers among young women in East Asia, npj Breast Cancer, 7:88, (2021).
- Chaudhary S., Appadurai M.I., Maurya S.K., Nallasamy P., Marimuthu S., Shah A., Atri P., Ramakanth C.V., Lele S.M., Seshacharyulu P., Ponnusamy M.P., Nasser M.W., Ganti A.K., Batra S.K., Lakshmanan I., MUC16 promotes triple-negative breast cancer lung metastasis by modulating RNA-binding protein ELAVL1/HUR, Breast Cancer Research, 25:25, (2023).
- Ratajczak-Wielgomas K., Grzegrzolka J., Piotrowska A., Matkowski R., Wojnar A., Rys J., Ugorski M., Dziegiel P., Expression of periostin in breast cancer cells, International Journal of Oncology, 51:1300-1310, (2017).
- Yang J., Niu H., Huang Y., Yang K., A Systematic Analysis of the Relationship of CDH13 Promoter Methylation and Breast Cancer Risk and Prognosis, PLoS One, 11:e0149185, (2016).
- Fico F., Santamaria-Martínez A., TGFBI modulates tumour hypoxia and promotes breast cancer metastasis, Molecular Oncology, 14:3198-3210, (2020).
- Fukui F., Hayashi S., Yamaguchi Y., Heregulin controls ERα and HER2 signaling in mammospheres of ERα-positive breast cancer cells and interferes with the efficacy of molecular targeted therapy, The Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology, 201:105698, (2020).
- Zuo C., Liu Y., Wang Z., Chen H., Wang Y., Qiao Y., α-L-fucosidase isoenzymes (FUCA1/FUCA2) as prognostic markers in gliomas: a comprehensive study, BMC Cancer, 25:1511, (2025).
- Bäumges H., Jelinek S., Lange H., Markmann S., Capriotti E., Häusser J.A., Ilse M.B., Braulke T., Deciphering α-L-Fucosidase Activity Contribution in Human and Mouse: Tissue α-L-Fucosidase FUCA1 Meets Plasma α-L-Fucosidase FUCA2, Cells, 14:1355, (2025).
- Hu Y., Tang D., Zhang P., Prognostic and immunological role of alpha-L-fucosidase 2 (FUCA2) in hepatocellular carcinoma, Translational Cancer Research, 12:257-272, (2023).
- Ren L., Yi J., Li W., Zheng X., Liu J., Wang J., Du G., Apolipoproteins and cancer, Cancer Medicine, 8:7032-7043, (2019).
- Deng C.F., Zhu N., Zhao T.J., Li H.F., Gu J., Liao D.F., Qin L., Involvement of LDL and ox-LDL in Cancer Development and Its Therapeutical Potential, Frontiers in Oncology, 12:803473, (2022).
- Ossoli A., Wolska A., Remaley A.T., Gomaraschi M., High-density lipoproteins: A promising tool against cancer, Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular and Cell Biology of Lipids, 1867:159068, (2022).
- Pirro M., Ricciuti B., Rader D.J., Catapano A.L., Sahebkar A., Banach M., High density lipoprotein cholesterol and cancer: Marker or causative?, Progress in Lipid Research, 71:54-69, (2018).
- Deangeli G., Spillantini M.G., Liò P., Proteomizer: Leveraging the Transcriptome-Proteome Mismatch to Infer Novel Gene Regulatory Relations, bioRxiv, (2025).
- Chorlton S.D., Ten common issues with reference sequence databases and how to mitigate them, Frontiers in Bioinformatics, 4:1278228, (2024).
- Bouadjenek M.R., Verspoor K., Zobel J., Literature consistency of bioinformatics sequence databases is effective for assessing record quality, Database (Oxford), (2017).
Ayrıntılar
| Birincil Dil | İngilizce |
|---|---|
| Konular | Proteomik ve Metabolomik, Proteomik ve Moleküller Arası Etkileşimler, Hayvan Hücresi ve Moleküler Biyoloji |
| Bölüm | Araştırma Makalesi |
| Yazarlar | |
| Gönderilme Tarihi | 31 Ekim 2025 |
| Kabul Tarihi | 8 Ocak 2026 |
| Erken Görünüm Tarihi | 14 Ocak 2026 |
| Yayımlanma Tarihi | 14 Ocak 2026 |
| Yayımlandığı Sayı | Yıl 2026 Cilt: 28 Sayı: 1 |
Kaynak Göster
Amaç ve Kapsam
Dergimizin ana hedefi; bilimsel normlara ve bilim etiğine uygun, nitelikli ve özgün çalışmaları titizlikle değerlendirerek, düzenli aralıklarla yayımlayan ve fen bilimleri alanında tercih edilen öncelikli dergiler arasında yer almaktır.
Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi, Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü tarafından Ocak ve Temmuz aylarında olmak üzere yılda iki kez yayımlanan hakemli bir dergidir. Dergide; Fen bilimleri, Mühendislik bilimleri ve Fen-Matematik Eğitimi alanlarının kapsamına giren özgün araştırma makaleleri, kısa makaleler, derlemeler yayımlanabilir. Derleme makaleler Editör kurulu kararı ile her sayıda kısıtlı adette değerlendirmeye alınacaktır.
Yazım Kuralları
Yazar Rehberi
Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
Makale Yazım Kuralları
- Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi (Journal of the Institute of Science and Technology of Balıkesir University) bütün Fen, Mühendislik ve Mimarlık Anabilim Dallarını ilgilendiren konulardaki önemli, özgün, kaliteli araştırma ve çalışma makalelerini yayınlayan hakemli ve bilimsel bir dergidir. Ocak ve Temmuz aylarında olmak üzere yılda iki kez yayınlanır.
- Dergide yayımlanacak olan eserler, daha önce bir başka dergide yayımlanmamış, yayımlanmak üzere gönderilmemiş ya da yayım için kabul edilmemiş olmalıdır. Herhangi bir bilimsel toplantıda sunulmuş ve yayımlanmamış yazılarda, toplantının adı, yeri ve tarihi belirtilmelidir.
- Derginin yayıncısı, editörü ve yayın kurulu yazarların belirtmiş olduğu görüş ve düşünceler ile doğabilecek etik ihlallerinin sorumluluğunu kabul etmekle yükümlü olmayıp dergide yer alan makale ve yazıların sorumluluğu yazar(lar)ına aittir.
- Dergiye yayımlanmak üzere gönderilen çalışmalar öncelikle şekil/yazım şartları bakımından ön değerlendirmeye alınır. Yazım kuralları itibariyle şartları sağlamayan çalışmalar hakemlere gönderilmez. Şartlara uygun olan çalışmalar, içerik açısından incelenmek üzere en az iki hakeme gönderilir. Makaleyi değerlendiren hakemlerin kimlikleri hakkında yazarlara, gönderilen makalenin kime ait olduğu konusunda da hakemlere bilgi verilmez. Hakem raporları gizlidir. Hakemlerden olumlu rapor alamayan makaleler yayımlanmaz ve yazarına iade edilmez; bu konuda idari ve adli sorumluluk kabul edilmez. Hakemler tarafından düzeltme istenen yazılar ise gerekli değişiklikler için yazar(lar)a geri gönderilir. Düzeltilmiş metni belirtilen süre içerisinde dergiye ulaştırmak yazar(lar)ın sorumluluğundadır.
- Çalışma, editörlere 1 nüsha halinde elektronik ortamda sunulmalıdır. Makalenin elektronik ortamda gönderilebilmesi için, sisteme üye olunmalı ve kullanıcı girişi yapılmalıdır. Kullanıcı girişi yapıldıktan sonra “Makale Gönder” bağlantısı kullanılarak makale sisteme kayıt edilir. Sisteme kaydedilecek çalışmalarda yazar adları bulunmalıdır. Kör hakemlik süreci ilgili alan editörü tarafından başlatılacaktır. Yayımlanmak üzere gönderilen makaleler ekler ve kaynakça dahil olmak üzere 20 sayfayı geçmemelidir. Çalışmalar sisteme yüklenirken Başlık, Anahtar Kelimeler ve Öz makalenin yazıldığı dil dışında ikinci bir dil olarak dergipark üst verisine mutlaka girilmelidir.
- Ulakbim TR DİZİN kararları doğrultusunda dergimize yüklenecek çalışmalarda etik kurul izni onay belgesi talep edilmektedir. Konu ile ilgili detaylı bilgiye ulaşmak için TIKLAYINIZ.
Göstereceğiniz ilgi için teşekkür ederiz.
Sayfa boyutu, sayısı ve kenar boşlukları | A4 formatında, en fazla (eğer mümkünse) 12 sayfa olmalıdır. Sol ve Sağ : 3 cm, Üst ve Alt: 2,5 cm. |
Sayfa numaraları | Sayfa numaraları sayfa altında ve ortada verilmelidir. |
Satır boşlukları | Bütün satır boşlukları Times New Roman karakterinde ve 12 punto olmalıdır. |
Metin | Times New Roman karakterinde 12 punto ile, sağa ve sola dayalı olarak tek aralıklı yazılmalıdır. Noktadan sonra 2 boşluk, virgülden sonra 1 boşluk bırakılmalıdır. |
Paragraf | Her paragraf arasında bir satır boşluk bırakılmalı, paragraf başlarında içerden başlanmamalıdır (Tab tuşu kullanılmamalıdır). |
Makale başlığı | Sayfa başından 5 satır boşluk bırakıldıktan sonra, Times New Roman, 20 punto (koyu olmayacak) ile başlığın sadece ilk harfi büyük olacak şekilde sayfa ortalanarak yazılmalıdır. |
Yazar adı veya adları | Başlıktan sonra 2 satır boşluk bırakılarak, ünvan belirtilmeden, Adın ilk harfi ve SOYAD’ın tamamı büyük harf ile, birden fazla yazarlarda aralarına virgül konularak, Times New Roman, 12 punto, koyu ve sayfa ortalanarak yazılmalıdır. |
Yazarın/ların adresi/leri | Yazar adının hemen altına boşluk bırakılmadan, Times New Roman, 10 punto ve italik olarak yazılmalıdır. Adresleri aynı olan yazarlar için tek adres, farklı yazar adresleri alt alta boşluk bırakılmadan yazılmalıdır. |
İletişim yazarının bilgileri | Bütün yazarlar için Sorumlu yazar ilk sırada olacak şekilde; Ünvansız Ad SOYAD, e-mail adresi, ORCID ID numarası (http://orcid.org/xxxx-xxxx-xxxx-xxxx.) aralarına virgül konularak 1. sayfanın altına dipnot olarak, Times New Roman, 10 punto ile yazılmalıdır. |
Türkçe özet | Adres/ler den 3 satır boşluk bırakıldıktan sonra, Özet kelimesi Times New Roman yazı karakterinde, 12 punto, koyu ve sola dayalı olarak yazılmalıdır. Özet metni Times New Roman yazı karakterinde, 12 punto ve italik olarak yazılmalıdır. Özet metnin 100 ile 200 kelime arasında olmasına özen gösterilmelidir. Özet kelimesi ile özet metni arasında bir satır boşluk bırakılmalıdır. |
Anahtar kelimeler Keywords | Anahtar kelimeler: ve Keywords: kelimeleri Türkçe özetin ve İngilizce özetin altına bir satır boşluk bırakılarak, Times New Roman, 12 punto, koyu ve italik olarak yazılmalıdır. En az 3 en fazla 6 adet anahtar kelime verilmeli, anahtar kelimelerin birincisinin ilk harfi büyük diğerleri küçük harfle ve aralarına virgül konularak verilmelidir. |
İngilizce başlık ve Abstract | Türkçe anahtar kelimelerin altına 2 satır boşluk bırakılarak, Times New Roman, 16 punto (koyu olmayacak) ile başlığın sadece ilk harfi büyük olacak şekilde sayfa ortalanarak yazılmalıdır. Abstract, Türkçe özet formatında yazılmalıdır. |
Ana başlıklar | Ana Başlıklar sırasıyla numaralandırılmalıdır (1. Giriş 2. Deneysel çalışmalar gibi). Tüm başlıklar sola dayalı Times New Roman, 12 punto, koyu ve sadece ilk kelimenin ilk harfi büyük olacak şekilde yazılmalıdır. Ana başlıklardan önce 2 satır, sonra 1 satır boşluk bırakılmalıdır. |
Alt başlıklar | Alt başlıklar ana başlık numarasına uygun olarak numaralandırılmalıdır. Tüm alt başlıklar sola dayalı Times New Roman, 12 punto, koyu ve italik olarak sadece ilk kelimenin ilk harfi büyük olacak şekilde yazılmalıdır (2.1. Malzeme 2.2. Isıl işlemler gibi). Alt başlıklardan önce tek satır boşluk bırakılmalı, sonra ise boşluk bırakılmadan metine geçilmelidir. |
Şekiller Resimler Fotoğraflar | Sayfa sınırlarını aşmayacak şekilde ortalanarak, net ve okunaklı olmalıdır. Sıra ile numaralandırılmalıdır. Şekil no ve adları şeklin altında ortalanarak ve sadece ilk kelimenin ilk harfi büyük olarak verilmelidir. Şekiller ya bir çizim programı ile çizilmiş olmalı ya da en az 300 dpi çözünürlükte taranmış olmalıdır. Şekil olarak gösterilen grafik, resim ve metin kutularında yer alan yazı ve sayıların büyüklüğü makale içinde Times New Roman karakteri ile yazılmış 9 punto boyutundaki bir yazının büyüklüğünden az olmamalıdır. Şekilden önce, şekil adından önce ve sonra birer satır boşluk bırakılmalıdır. Şekiller metin içine yerleştirilirken mutlaka şekilden önce atıfta bulunulmalıdır. |
Tablolar | Sayfa sınırlarını aşmayacak şekilde ortalanarak konulmalıdır. Sıra ile numaralandırılmalıdır. Tablo no ve adları, tablonun üstünde tek satır boşluk ile sadece ilk kelimenin ilk harfi büyük olacak şekilde ortalanarak yazılmalıdır. Tablo adı yazılırken üstte ve altta birer satır, tablodan sonra yine bir satır boşluk bırakılmalıdır. Tablolara tablodan önce mutlaka metin içerisinde atıfta bulunulmalıdır. Tablo satır ve sütunlarındaki rakam ve yazılar Times New Roman 12 punto ile yazılmalıdır. Ancak zorunlu kalınan durumlarda yazı boyutu yazı sınırlarını geçmeyecek şekilde en az 9 puntoya kadar düşürülebilir. |
Denklemler | Metin içerisine yazılacak denklemler, word yazım programındaki denklem editörü ile sola dayalı olarak yazılmalı ve eşitliklere sağa dayalı olarak parantez içerisinde sıra ile numara verilmelidir. |
Semboller | Makale çok sayıda sembol içeriyor ya da makaledeki sembollerin açıklanması gerekiyorsa uluslararası standarda uygun olarak, semboller, kaynaklardan önce, Times New Roman 12 punto ile italik yazılmalıdır. Makalede ondalık gösterimde nokta kullanılmalı, binlikleri ayırırken virgül veya nokta kullanılmamalı gerekiyorsa tek boşluk kullanılmalıdır. |
Kaynaklar | Kaynaklar metin içerisinde sıra ile numaralandırılmalıdır. Makalenin sonunda bulunan kaynaklar bölümündeki sıralama, metinde verilen sıraya uygun olarak yapılmalıdır. Atıfta bulunulan kaynaklar; ya ….. [1]. şeklinde cümlenin sonunda yada ….. [1], ….. şeklinde cümle içinde verilmelidir. İki veya daha fazla kaynak yazarken verilecek kaynaklar sıralı ise [1,2,3,4] şeklinde değil, [1-4] şeklinde verilmelidir. Sıralı değil ise [8, 11, 15] şeklinde verilmelidir. Kaynaklar, Times New Roman 12 punto ile yazılmalı, sadece dergi, kitap ya da sempozyum adı kalın yazılmalıdır. Kaynaklar kısmında yer alan ulusal-uluslararası makalelerin yer aldığı dergi adları kısaltılmış halleriyle değil, açık olarak yazılmalıdır (örnek: dergi adı Wat. Res. şeklinde değil Water Resources şeklinde yazılmalı). |
Ulusal - Uluslararası Makaleler [1] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flocculation and sedimentation of high turbidity water, Water Resources, 25, 9, 1137-1143, (1998). Ulusal - Uluslararası Bildiriler [2] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flocculation and sedimentation of high turbidity waters, Proceedings , 9th Biennial Conference, International Association on Water Quality, 1137–1143, Vancouver, (1998). Ulusal - Uluslararası Kitap [3] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flocculation and sedimentation, 295, Technomics Press, Lancaster PA, (1998).
[4] Blackburn, T., Flocculation and sedimentation in Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Physical Processes, Technomics Press, 29-45, Lancaster PA, (1998).
[5] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flocculation and sedimentation, 295, Technomics Press, Lancaster PA, (1998). Makaleler [6] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flokülasyona hız gradyanı etkisi, Su Kirlenmesi Kontrolü Dergisi, 7, 4, 26–32, (1998). [7] Snell, F. D. ve Ettre, L. S., Encyclopedia of Industrial Chemical Analysis, 14, Interscience, New York, (1971). Basılmış Bilimsel Rapor [8] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., The effect of velocity gradient in flocculation, Technical Report, NATO Science for Stability Programme, 150, Brussels, (1998). Mesleki Teknik Rapor [9] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flokülasyona hız gradyanı etkisi, Teknik Rapor 45, İTÜ Geliştirme Vakfı, İstanbul, (1998). Doktora, Y.Lisans Tezi [10] Türker, K., Yapıların deprem davranışının belirlenmesi için çok modlu uyarlamalı yük artımı yöntemi, Doktora Tezi, Balıkesir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Balıkesir, (2005). Standartlar [11] TS825, Binalarda ısı yalıtım kuralları, Türk Standartları, Ankara, (1998). Güncel Yazı [12] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flokülasyona hız gradyanı etkisi, Bilim ve Teknik, 363, 8, 23–45, (1998). [13] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flokülasyona hız gradyanı etkisi, Milliyet Gazetesi, sf.2, 3, 24, (1998). Web adresleri [14] Li, G., Hart, A. ve Gregory, J., Flokülasyona hız gradyanı etkisi, (1998).http://www.server.com/projects/paper2.html, (20.05.2004). | |
Başvuru Kontrol Listesi
Başvuru sürecünde yazarlar başvurularının aşağıdaki listedeki tüm maddelere uyduğunu kontrol etmelidirler, bu rehbere uymayan başvurular yazarlara geri döndürülecektir.
- Gönderilen çalışma daha önceden yayınlanmamış ve yayımlanmak üzere herhangi bir dergiye değerlendirilmek üzere sunulmamıştır (Yazar Rehberi'nde detaylı açıklama verimiştir).
- Gönderi dosyası OpenOffice, Microsoft Word, RTF veya WordPerfect dokümanı dosyası biçimindedir.
- Gönderilen çalışma Yazar Rehberi'nde yer alan dergi yazım kurallarına ve makale örneklerine uygundur.
- Gönderilen çalışma için yazar bilgilerinin yer almadığı iThenticate (Akademik İntihal Engelleme) programından veya benzer diğer programlardan alınmış rapor ek dosya olarak sisteme eklenmiştir. Bu raporda sadece kaynakça çıkarılmıştır.
Çalışmaya ait tüm yazarların bilgileri (Kurum bilgisi, email adresi, ORCID numarası vb. ) dergi sisteme eklenmiştir.
- Yazınızı hakem değerlendirmesi yapılan bir dergi bölümüne gönderiyor iseniz kör hakemlikten emin olmak için tıklayın. Yardım sayfasındaki önerilere tam olarak uyunuz.
Etik İlkeler ve Yayın Politikası
- Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi, Balıkesir Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü tarafından Ocak ve Temmuz aylarında olmak üzere yılda iki kez yayımlanan hakemli bir dergidir. Dergide; Fen bilimleri, Mühendislik bilimleri ve Fen-Matematik Eğitimi alanlarının kapsamına giren özgün araştırma makaleleri, kısa makaleler, derlemeler yayımlanabilir.
- Derginin yayıncısı, editörü ve yayın kurulu yazarların belirtmiş olduğu görüş ve düşünceler ile doğabilecek etik ihlallerinin sorumluluğunu kabul etmekle yükümlü olmayıp dergide yer alan makale ve yazıların sorumluluğu yazar(lar)ına aittir.
- Dergiye yayımlanmak üzere gönderilen çalışmalar öncelikle şekil/yazım şartları bakımından ön değerlendirmeye alınır. Yazım kuralları itibariyle şartları sağlamayan çalışmalar hakemlere gönderilmez. Şartlara uygun olan çalışmalar, içerik açısından incelenmek üzere en az iki hakeme gönderilir. Makaleyi değerlendiren hakemlerin kimlikleri hakkında yazarlara, gönderilen makalenin kime ait olduğu konusunda da hakemlere bilgi verilmez. Hakem raporları gizlidir. Hakemlerden olumlu rapor alamayan makaleler yayımlanmaz ve yazarına iade edilmez; bu konuda idari ve adli sorumluluk kabul edilmez. Hakemler tarafından düzeltme istenen yazılar ise gerekli değişiklikler için yazar(lar)a geri gönderilir. Düzeltilmiş metni belirtilen süre içerisinde dergiye ulaştırmak yazar(lar)ın sorumluluğundadır.
- Dergide yayımlanacak olan eserler, daha önce bir başka dergide yayımlanmamış, yayımlanmak üzere gönderilmemiş ya da yayım için kabul edilmemiş olmalıdır. Herhangi bir bilimsel toplantıda sunulmuş ve yayımlanmamış yazılarda, toplantının adı, yeri ve tarihi belirtilmelidir.
- Dergimiz herhangi bir yayın ücreti talep etmemektedir.
- Dergimiz belirtilmeyen diğer etik ilkeleri, editör, hakem ve yazar sorumlulukları için Committee on Publication Ethics (COPE) belirlenen/önerilen hususları kabul ve takip etmektedir. İlgili bilgi COPE websitesinden edinilebilir. COPE websitesi için TIKLAYINIZ.
Ücret Politikası
Dergimizde makale işlem ücreti alınmamaktadır.
Dizinler
Atıf Dizinleri
Diğer Dizinler
Dergi Kurulları
İmtiyaz Sahibi
Baş Editör
Editör Kurulu
Alan Editörleri
Hacettepe Kimya Mühendisliği Bölümü'nden mezuniyetin ardından Ege Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü'nde yüksek lisans ve doktora eğitimlerim boyunca Çevre Biyoteknolojisi temelli biyoprosesler üzerine çalışmalarda bulundum. Organik atıkların dönüşümleri odağında yüksek lisansımda tavuk atıklarından biyogaz üretimi, doktoramda ise şeker endüstrisi atıklaırndan iki aşamalı hibrit sistemlerde biyohidrojen üretimi üzerine tez çalışmalarımı tamamladım. Doktoramdan sonra sentezgaz fermentasyonu ile biyoetanol ve asit üretimleri üzerine çalışmalarda buundum. 2022 yılından beri İzmir Demokrasi Üniversitesi Endüstri Mühendisliği bölümü'nde görev yapmaktayım son yıllarda döngüsel ekonomi, yaşam döngüsü analizi ve sürdürülebilirlik alanlarında çalışmalara odaklanmış bulunmaktayım.
1974 Balıkesir doğumludur. İlk ve orta ve Üniversite eğitimini Balıkesir'de tamamlamıştır. Balıkesir Üniversitesi Mühendislik Fakültesi İnşaat Mühendisliği Bölümünde öğretim üyesi olarak ders vermektedir.
Danışma & Yayın Kurulu
Kemal Yurumezoglu is an professor in the Department of Special Education (Gifted Education) at Dokuz Eylul University, Turkey. He received his master’s degree in physics education in 2000 from the University of Paris Diderot (Paris 7), France, and his PhD in science education in 2005 from the University of Strasbourg, France. His research interests are in conceptual physics, gifted education, STEAM education and inquiry-based physics activities.
Doctor of Physical and Mathematical Sciences, specialist in integral geometry and inverse problems.
Education and Academic Career:
• Graduated from Moscow State University (MSU) in 1982.
• Defended his Candidate of Sciences dissertation in 1991 on the topic:
“Certain Classes of Problems in Integral Geometry on Curves and Surfaces.”
• Defended his Doctor of Sciences dissertation in 1998 on the topic:
“New Classes of Problems in Integral Geometry.”
• A student of the prominent scholar, Academician M.M. Lavrentiev.
Scientific Contributions:
Akram Khasanovich has made significant contributions to the development of mathematics:
• Developed methods for studying weakly and strongly ill-posed problems in integral geometry.
• Proved uniqueness theorems for new classes of problems in integral geometry.
• Conducted fundamental research on the stability of solutions for entire classes of ill-posed problems, derived inversion formulas, and proved existence theorems for these problems.
• His work has found applications in medicine, industrial tomography, and geophysics.
Professional Activities:
• Since November 2022, he has been working at the Belarusian-Uzbek Intersectoral Institute of Applied Technical Qualifications.
• Since September 2024, he has been working part-time at the Transport University, actively participating in educational and scientific activities.
• Advocates for the creation of a Department of Mathematical and Physical Sciences focused on interdisciplinary research.
Publications:
Author of more than 150 scientific papers dedicated to integral geometry, inverse problems, and their applications in various fields of science and technology.
S.S.S. Sarma (Full name rarely used in publications: Singaraju Sri Subrahmanya Sarma, born on 24 September 1958), PhD obtained in 1988, is an aquatic ecologist, known for his research contributions in the field of freshwater zooplankton. He is full time Professor of the National Autonomous University of Mexico (= Universidad Nacional Autónoma de México, known in the abbreviated form as UNAM) at its north Mexico City Campus, FESI, Tlalnepantla (Facultad de Estudios Superiores Iztacala). He has published more than 300 articles and book chapters of which more than 285 scientific works are from standard journals, including Nature, indexed in Web of Science (Core collection) / Scopus. He has edited/co-edited 14 special volumes for prestigious publishers including Springer, Elsevier, Francis & Taylor, and Acad. Env. Biol. He is currently Editor of Rotifer News, a virtual newsletter for professional and amateur investigators of phylum Rotifera. He is/was on the Editorial Board of different journals belonging to Standard Publishers such as Springer, Elsevier, MDPI, Frontiers Media SA, Acad. of Env. Biol., Francis & Taylor, Bentham Open, Oxford University Press, Public Library of Science, DergiPark and Biomed Central.
