Marmara Avrupa Araştırmaları Dergisi (Marmara Journal of European Studies) enstitü faaliyeti olarak 1991 yılından beri düzenli olarak yayınlamaktadır.

Marmara Avrupa Araştırmaları Dergisi, Türkiye'de "Avrupa Bütünleşme Süreci"ne yönelik çıkarılmış ilk süreli dergi olması ve yerli yabancı pekçok araştırmacının "Avrupa Birliği" ve "Türkiye'nin Avrupa bütünleşmesindeki siyasi, ekonomik ve hukuki yeri" üzerine gerçekleştirdikleri akademik çalışmalarını yayınlama imkanı bulduğu bir dergidir. Alanında bilinen ve önemli bir yere sahip olan Avrupa Araştırmaları Dergisi hakemlidir ve yılda iki kez yayınlanmaktadır. Dergi hem Türkçe hem de İngilizce dillerinde yazılan akademik çalışmaları kabul etmekte olup 20 yılı aşkın süredir Avrupa Çalışmalarına ciddi bir kaynak oluşturmaktadır. 

Dergimiz, uluslararası olarak 2013 sayımızdan itibaren EconLit'de; 2011 sayımızdan itibaren EBSCO Academic Search Complete'de, ulusal olarak 2009 sayımızdan itibaren ise ASOS index'te endekslenmektedir.