Sağlık Bilimlerinde Değer dergisinin sistemine yüklenen her yazı, ilk olarak baş editör veya bölüm editörleri tarafından yazım ve yayın ilkelerine uygunluğu açısından değerlendirilir. Uygun bulunan yazılar hakem değerlendirilmesine alınırken, uygun bulunmayanlar düzenlenmesi için yazara geri gönderilir.

Editör onayından sonra alanında uzman bağımsız iki hakeme gönderilir. Hakem ve yazarların isimleri karşılıklı olarak birbirlerinden gizli tutulur.

Hakemlerin kendilerine gönderilen yazıyı değerlendirme süreleri azami 15 gündür. Bu süreç sonunda rapor edilmeyen yazı için yeni bir hakem tayin edilir. Alan değerlendirmesinden iki olumlu hakem raporu alan yazı yayınlanmaya hak kazanır. Bir olumlu bir olumsuz hakem raporu alan yazı, üçüncü bir hakeme gönderilir ve yazının yayınlanıp yayınlanmaması üçüncü hakemin raporu ya da editör kararı doğrultusunda belirlenir. Yazarlardan istenen düzeltme süresi azami 15 gündür. Editörler tarafından bir yazının yayınlanması ya da yayınlanmaması yönünde karar alınabilir. Yazılar, ortalama 4-5 ay içinde süreci tamamlar. Başvurunun yapılmasından yazının yayınlanması aşamasına kadar geçen süreçteki tüm işlemler elektronik ortamda gerçekleşir.