Hakan Mutlu, Mart 1990'da Ankara doğdu. İlkokul birinci sınıfı Özbekistan'da okuduktan sonra ilk, orta ve lise öğrenimini Ankara'da tamamladı. 2011 senesinde Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih - Coğrafya Fakültesi Antropoloji Bölümü'nden mezun oldu. Aynı sene Almanya'daki Eberhard Karls Universität Tübingen'de yüksek lisansa başladı. 2014 senesinde buradaki Doğa Bilimleri Arkeolojisi Enstitüsü'nün (Institut für Naturwissenschaftliche Archäologie) Paleoantropoloji bilim dalından mezun olarak Master of Science (M.Sc.) ünvanını almaya hak kazandı. Yine 2014'te, mezun olduğu Dil ve Tarih - Coğrafya Fakültesi'nin Antropoloji Bölümü'ndeki Paleoantropoloji Anabilim Dalı'nda araştırma görevlisi kadrosuna atandı ve sene sonunda Ankara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Paleoantropoloji Bilim Dalı'nda doktora programına başladı. 2022 senesinde doktorasını tamamladı.
Hakan Mutlu evli ve bir çocuk babası; müziğe, seslendirme sanatçılığına, video oyunlarına ve yemeğe ise özel bir ilgisi var.