VWR Kromojenik Koliform Agar ve Biokar Compass ECC Agar'ın Çeşitli Gıda Matrislerindeki İşlevselliğinin Kabul Görmüş ISO 4832 ve TEMPO TC Yöntemleriyle Birlikte Değerlendirilmesi ve TEMPO TC'nin Laboratuvar İçi Validasyonunun Uygulanması
Öz
Koliform bakteriler genellikle gıda hijyeni ve sanitasyon koşullarının göstergesi olarak gösterilse de varlıkları mutlaka patojenite anlamına gelmez. ISO 4832:2006 yöntemi, koliform sayımında kullanılan dünya çapında kabul görmüş uluslararası bir standarttır, ancak yoğun emek ve zaman gerektirir. Kromojenik besiyerleri ve TEMPO TC gibi otomatik MPN sistemleri daha hızlı alternatifler olarak mevcut olsa da farklı gıda matrisleri arasında karşılaştırmalı çalışmalar hala sınırlıdır. Bu çalışmada, ISO 4832, TEMPO TC ve iki kromojenik agar (VWR Kromojenik Koliform Agar ve Biokar Compass ECC Agar), yüksek, orta ve düşük kontaminasyon seviyelerinde E.coli NCTC 12923 ile yapay olarak aşılanmış süt, tavuk ve unda koliform sayımı için karşılaştırılmıştır. Sayımlar paralel olarak elde edilmiş ve Pearson korelasyon ve regresyon analizi ile analiz edilmiştir. TEMPO TC'nin laboratuvar içi validasyonu, pastörize sütte ISO 16140-3:2021 standardına uygun olarak gerçekleştirilmiştir. TEMPO TC ile ISO 4832 (R² = 0.83-0.85), TEMPO TC ile kromojenik agarlar (R² = 0.82-0.84) ve ISO 4832 ile kromojenik agarlar (R² = 0.85-0.89) arasında güçlü korelasyonlar tespit edilmiştir. TEMPO TC'nin validasyonu, ISO 16140-3 kriterlerini karşılayan tekrarlanabilirliği (SIR = 0.203) bulunarak doğrulandı. Bulgularımız, kromojenik agarların ve TEMPO TC'nin ISO 4832'ye güvenilir alternatif yöntemler olarak hizmet edebileceğini ve TEMPO TC'nin daha hızlı işleme, otomasyon ve tekrarlanabilirlik gibi ek avantajlar sağladığını göstermektedir.
Anahtar Kelimeler
Toplam koliform sayımı TEMPO TC (Toplam koliformlar) ISO 4832 kromojenik agar laboratuvar içi doğrulama gıda güvenliği
Etik Beyan
Bu çalışma için etik kurul onayı gerekmemektedir.
Destekleyen Kurum
Dicle Üniversitesi, DÜBTAM Bilim ve Teknoloji Uygulama ve Araştırma Merkezi
Teşekkür
Yazar, çalışmanın yürütülmesi sırasında laboratuvar olanakları, teknik yardım ve malzeme desteği sağladığı için Dicle Üniversitesi DÜBTAM Bilim ve Teknoloji Uygulama ve Araştırma Merkezi'ne teşekkür eder.
Kaynakça
- Ackers, M.L., Schoenfeld, S., Markman, J., Smith, M.G., Nicholson, M.A., DeWitt, W., Cameron, D.N., Griffin, P.M., & Slutsker, L. (2000). An outbreak of Yersinia enterocolitica O:8 infections associated with pasteurized milk. Journal of Infectious Diseases, 181, 1834–1837. https://doi.org/10.1086/315436
- AFNOR Certification, (2012). Synthesis report: BIO 12/17–12/05—Validation of alternative methods for the enumeration of coliforms (NF VALIDATION). AFNOR Certification. (2012). Synthesis report: BIO 12/17–12/05—Validation of alternative methods for the enumeration of coliforms (NF VALIDATION). Retrieved from https://nf-validation.afnor.org/wp-content/uploads/2014/03/Synt-BIO-12-17-12-05_fr.pdf
- Anonymous, (2023). CDC investigates Salmonella outbreak linked to raw flour. Health.com. Retrieved from https://www.health.com/cdc-flour-salmonella-outbreak-7375730
- bioMérieux, (2014). TEMPO® TC test kit (OT-80006): Package insert. Retrieved from https://www.mediray.co.nz/media/15804/om_biomerieux_test-kits_ot-80006_mediray-bmx-package-insert-tempo-tc-9-14.pdf
- Cayer, M.P., Dussault, N., de Grandmont, M.J., Cloutier, M., Lewin, A., & Brouard, D. (2020). Evaluation of the TEMPO system: Improving the microbiological quality monitoring of human milk. Frontiers in Pediatrics, 8, 494. https://doi.org/10.3389/fped.2020.00494
- Cirolini, A., Baseggio, A.M., Miotto, M., Ramos, R.J., Cattani, C.S.O., & Vieira, C.R.W. (2013). Evaluation of the Petrifilm and TEMPO systems and the conventional method for counting microorganisms in pasteurized milk. Ciência e Tecnologia de Alimentos, 33, 784–789. https://doi.org/10.1590/S0101-20612013000400026
- Cosby, D.E., & Bailey, J.S. (2007). Comparison of the TEMPO System, Petrifilm, and cultural MPN procedure for enumeration of E. coli, coliforms and total aerobic plate counts. International Association for Food Protection (IAFP) Abstract, P2-58, 161.
- Crowe, S.J., Mahon, B.E., Vieira, A.R., & Gould, L.H. (2017). Shiga toxin–producing Escherichia coli infections associated with flour. New England Journal of Medicine, 377, 2036–2043. https://doi.org/10.1056/NEJMoa1615910
- Ertuğrul, Ç., & Çakır, İ. (2016). Comparison of conventional and rapid methods for determination of total aerobic mesophilic microorganisms and Enterobacteriaceae in poultry products. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi, 73, 379–388.
- European Food Safety Authority (EFSA), (2020). The European Union One Health 2019 Zoonoses Report. EFSA Journal, 18, e06406. https://doi.org/10.2903/j.efsa.2020.6406
- European Food Safety Authority (EFSA) & European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC), (2024). Multi-country outbreak of Salmonella Mbandaka ST413 linked to consumption of chicken meat products in the EU/EEA and the UK – first update. EFSA Journal, EN-8749. https://doi.org/10.2903/sp.efsa.2024.EN-8749
- Führ, C.A., Giombelli, A., Cerutti, M.F., Bergmann, G.P., & Kindlein, L. (2024). Comparative analysis of quantitative methods for Campylobacter spp. quantification: ISO 10272-2:2017, Tempo and real-time PCR in refrigerated and frozen turkey cuts. Foods, 13(21), 3359. https://doi.org/10.3390/foods13213359
- González, R.D., Tamagnini, L.M., Olmos, P.D., & de Sousa, G.B. (2003). Evaluation of a chromogenic medium for total coliforms and Escherichia coli determination in ready-to-eat foods. Food Microbiology, 20, 601–604. https://doi.org/10.1016/S0740-0020(02)00178-8
- Hamad, T., & Haruna, B.F. (2020). Monitoring foodborne pathogens of food served at an institutional cafeteria. International Journal of Research Studies in Microbiology and Biotechnology, 6(4), 1–6. https://doi.org/10.1016/j.afres.2024.100497
- Haque, A.H.M.M. (2023). Assessment of microbiological safety of ready-to-eat foods in Sylhet City Corporation (M.S. thesis). Sylhet Agricultural University.
- Ilbäck, J. (2023). Proficiency testing: Food microbiology – January 2023. Swedish Food Agency. Retrieved from https://www.livsmedelsverket.se/en/PT-micro
- ISO 16140-3:2021. (2021). Microbiology of the food chain—Method validation—Part 3: Protocol for the verification of reference methods and validated alternative methods in a single laboratory. Geneva: International Organization for Standardization.
- ISO 21528-2:2017. (2017). Microbiology of the food chain—Horizontal method for the detection and enumeration of Enterobacteriaceae—Part 2: Colony-count technique. Geneva: International Organization for Standardization.
- ISO 4832:2006. (2006). Microbiology of food and animal feeding stuffs—Horizontal method for the enumeration of coliforms—Colony count technique. Geneva: International Organization for Standardization.
- Jenkins, C., Bird, P.K., Wensley, A., Wilkinson, J., Aird, H., Mackintosh, A., Greig, D.R., Simpson, A., Byrne, L., Wilkinson, R., Godbole, G., Arunachalam, N., & Hughes, G.J. (2022). Outbreak of STEC O157:H7 linked to a milk pasteurisation failure at a dairy farm in South Yorkshire, England, 2019. Epidemiology and Infection, 150, e92. https://doi.org/10.1017/S0950268822000929
- Katase, M., & Tsumura, K. (2011). Enumeration of microorganisms in processed soy products with an automated most probable number method compared with the standard plate method. Letters in Applied Microbiology, 53, 539–545. https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2011.03143.x
- Lupattelli, A., Primavilla, S., Roila, R., Felici, A., & Tinaro, M. (2023). Microbiological safety and quality of meals and work surfaces in collective catering systems in Central Italy: A five-year monitoring study. Biology, 12(1), 64. https://doi.org/10.3390/biology12010064
- Maheux, A.F., Dion-Dupont, V., Bouchard, S., Bisson, M.A., Bergeron, M.G., & Rodriguez, M.J. (2015). Comparison of four β-glucuronidase and β-galactosidase-based commercial culture methods used to detect Escherichia coli and total coliforms in water. Journal of Water and Health, 13, 340–352. https://doi.org/10.2166/wh.2014.175
- Martin, N.H., Trmčić, A., Hsieh, T.H., Boor, K.J., & Wiedmann, M. (2016). The evolving role of coliforms as indicators of unhygienic processing conditions in dairy foods. Frontiers in Microbiology, 7, 1549. https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.01549
- Neil, K.P., Biggerstaff, G., MacDonald, J.K., Trees, E., Medus, C., Musser, K. A., Stroika, S., Zink, D., & Sotir, M.J. (2017). A multistate outbreak of Shiga toxin–producing Escherichia coli O121 infections associated with flour, United States, 2016. New England Journal of Medicine, 377, 2036–2043. https://doi.org/10.1056/NEJMoa1615910
- Owen, M., Willis, C., & Lamph, D. (2010). Evaluation of the TEMPO most probable number technique for the enumeration of Enterobacteriaceae in food and dairy products. Journal of Applied Microbiology, 109, 1810–1816. https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2010.04810.x
- Pniewski, P., Anusz, K., Tracz, M., Puchalska, M., Wiśniewski, J., Zarzyńska, J., Domrazek, K., Białobrzewski, I., Chrobak-Chmiel, D., & Jackowska-Tracz, A. (2024). Listeria monocytogenes challenge testing of ready-to-eat uncured vacuum-packed pork bars with dried plasma. Applied Sciences, 14(24), 12055. https://doi.org/10.3390/app142412055
- Rahman, R., Scharff, R.L., & Wu, F. (2023). Foodborne disease outbreaks in flour and flour-based food products from microbial pathogens in the United States, and their health economic burden. Risk Analysis, 43, 2519–2526. https://doi.org/10.1111/risa.14132
- Republic of Türkiye, (2025). Turkish Food Codex Microbiological Criteria Regulation (Regulation No. 32812). Retrieved from https://www.resmigazete.gov.tr/eskiler/2025/02/20250213-1.htm
- Skwarek, P., & Karwowska, M. (2025). The effect of tomato pomace on the oxidative and microbiological stability of raw fermented sausages with reduced addition of nitrites. International Journal of Food Science, 2025, 6146090. https://doi.org/10.1155/ijfo/6146090
- Thakali, A., & MacRae, J.D. (2021). A review of chemical and microbial contamination in food: What are the threats to a circular food system? Environmental Research, 194, 110635. https://doi.org/10.1016/j.envres.2020.110635
- Torlak, E., Akan, İ.M., & Gökmen, M. (2008). Comparison of TEMPO EC and TBX medium for the enumeration of Escherichia coli in cheese. Letters in Applied Microbiology, 47, 566–570. https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2008.02467.x
- United States Department of Agriculture (USDA), (2024, July 29). USDA proposes new policy to reduce Salmonella in raw poultry products. Retrieved from https://www.usda.gov/about-usda/news/press-releases/2024/07/29/usda-proposes-new-policy-reduce-salmonella-raw-poultry-products
- U.S. Food and Drug Administration (FDA), (2023). Bacteriological Analytical Manual (BAM) Chapter 4: Enumeration of Escherichia coli and the coliform bacteria. Retrieved from https://www.fda.gov/food/laboratory-methods-food/bam-chapter-4-enumeration-escherichia-coli-and-coliform-bacteria
- Yörük, N.G. (2018). Most probable number technique in Escherichia coli count using ISO 16649-3, ISO 7251, and rapid test enumeration device (TEMPO EC) methods in milk and dairy products. Journal of Food Safety, 38, e12502. https://doi.org/10.1111/jfs.12502
Evaluation of the Functionality of VWR Chromogenic Coliforms Agar and Biokar Compass ECC Agar in Various Food Matrices in Combination with Accepted ISO 4832 and TEMPO TC Methods and Implementation of In-laboratory Validation of TEMPO TC
Öz
Coliform bacteria are generally shown as indicators of food hygiene and sanitary conditions; although, their presence does not necessarily imply pathogenicity. The ISO 4832:2006 method is a globally accepted standard used in coliform counting but it is labor-intensive and time-consuming. Faster alternatives, such as chromogenic media and automated MPN systems like TEMPO TC, exist; though, comparative studies across different food matrices are still limited. In this study, ISO 4832, TEMPO TC, and two chromogenic agars (VWR Chromogenic Coliforms Agar and Biokar Compass ECC Agar) were compared for coliform enumeration in milk, chicken, and flour artificially inoculated with E.coli NCTC 12923 at high, moderate, and low contamination levels. Counts were obtained in parallel and analyzed by Pearson correlation and regression analysis. Intralaboratory validation of TEMPO TC was performed in pasteurized milk in accordance with ISO 16140-3:2021. Strong correlations were detected between TEMPO TC and ISO 4832 (R² = 0.83-0.85), TEMPO TC and chromogenic agars (R² = 0.82-0.84), and ISO 4832 and chromogenic agars (R² = 0.85-0.89). Validation of TEMPO TC confirmed reproducibility (SIR = 0.203), satisfying ISO 16140-3 criteria. Our findings demonstrate that chromogenic agars and TEMPO TC can serve as reliable alternative methods to ISO 4832 and TEMPO TC provides additional advantages such as faster processing, automation, and reproducibility.
Anahtar Kelimeler
Total coliform enumeration TEMPO TC (Total coliforms) ISO 4832 chromogenic agar intralaboratory validation food safety
Etik Beyan
Ethics committee approval is not required for this study.
Destekleyen Kurum
Dicle University, DÜBTAM Science and Technology Application and Research Center
Teşekkür
The author is thankful to the DÜBTAM Science and Technology Application and Research Center, Dicle University, for providing laboratory facilities, technical assistance and supplies, and support throughout the course of the study.
Kaynakça
- Ackers, M.L., Schoenfeld, S., Markman, J., Smith, M.G., Nicholson, M.A., DeWitt, W., Cameron, D.N., Griffin, P.M., & Slutsker, L. (2000). An outbreak of Yersinia enterocolitica O:8 infections associated with pasteurized milk. Journal of Infectious Diseases, 181, 1834–1837. https://doi.org/10.1086/315436
- AFNOR Certification, (2012). Synthesis report: BIO 12/17–12/05—Validation of alternative methods for the enumeration of coliforms (NF VALIDATION). AFNOR Certification. (2012). Synthesis report: BIO 12/17–12/05—Validation of alternative methods for the enumeration of coliforms (NF VALIDATION). Retrieved from https://nf-validation.afnor.org/wp-content/uploads/2014/03/Synt-BIO-12-17-12-05_fr.pdf
- Anonymous, (2023). CDC investigates Salmonella outbreak linked to raw flour. Health.com. Retrieved from https://www.health.com/cdc-flour-salmonella-outbreak-7375730
- bioMérieux, (2014). TEMPO® TC test kit (OT-80006): Package insert. Retrieved from https://www.mediray.co.nz/media/15804/om_biomerieux_test-kits_ot-80006_mediray-bmx-package-insert-tempo-tc-9-14.pdf
- Cayer, M.P., Dussault, N., de Grandmont, M.J., Cloutier, M., Lewin, A., & Brouard, D. (2020). Evaluation of the TEMPO system: Improving the microbiological quality monitoring of human milk. Frontiers in Pediatrics, 8, 494. https://doi.org/10.3389/fped.2020.00494
- Cirolini, A., Baseggio, A.M., Miotto, M., Ramos, R.J., Cattani, C.S.O., & Vieira, C.R.W. (2013). Evaluation of the Petrifilm and TEMPO systems and the conventional method for counting microorganisms in pasteurized milk. Ciência e Tecnologia de Alimentos, 33, 784–789. https://doi.org/10.1590/S0101-20612013000400026
- Cosby, D.E., & Bailey, J.S. (2007). Comparison of the TEMPO System, Petrifilm, and cultural MPN procedure for enumeration of E. coli, coliforms and total aerobic plate counts. International Association for Food Protection (IAFP) Abstract, P2-58, 161.
- Crowe, S.J., Mahon, B.E., Vieira, A.R., & Gould, L.H. (2017). Shiga toxin–producing Escherichia coli infections associated with flour. New England Journal of Medicine, 377, 2036–2043. https://doi.org/10.1056/NEJMoa1615910
- Ertuğrul, Ç., & Çakır, İ. (2016). Comparison of conventional and rapid methods for determination of total aerobic mesophilic microorganisms and Enterobacteriaceae in poultry products. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi, 73, 379–388.
- European Food Safety Authority (EFSA), (2020). The European Union One Health 2019 Zoonoses Report. EFSA Journal, 18, e06406. https://doi.org/10.2903/j.efsa.2020.6406
- European Food Safety Authority (EFSA) & European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC), (2024). Multi-country outbreak of Salmonella Mbandaka ST413 linked to consumption of chicken meat products in the EU/EEA and the UK – first update. EFSA Journal, EN-8749. https://doi.org/10.2903/sp.efsa.2024.EN-8749
- Führ, C.A., Giombelli, A., Cerutti, M.F., Bergmann, G.P., & Kindlein, L. (2024). Comparative analysis of quantitative methods for Campylobacter spp. quantification: ISO 10272-2:2017, Tempo and real-time PCR in refrigerated and frozen turkey cuts. Foods, 13(21), 3359. https://doi.org/10.3390/foods13213359
- González, R.D., Tamagnini, L.M., Olmos, P.D., & de Sousa, G.B. (2003). Evaluation of a chromogenic medium for total coliforms and Escherichia coli determination in ready-to-eat foods. Food Microbiology, 20, 601–604. https://doi.org/10.1016/S0740-0020(02)00178-8
- Hamad, T., & Haruna, B.F. (2020). Monitoring foodborne pathogens of food served at an institutional cafeteria. International Journal of Research Studies in Microbiology and Biotechnology, 6(4), 1–6. https://doi.org/10.1016/j.afres.2024.100497
- Haque, A.H.M.M. (2023). Assessment of microbiological safety of ready-to-eat foods in Sylhet City Corporation (M.S. thesis). Sylhet Agricultural University.
- Ilbäck, J. (2023). Proficiency testing: Food microbiology – January 2023. Swedish Food Agency. Retrieved from https://www.livsmedelsverket.se/en/PT-micro
- ISO 16140-3:2021. (2021). Microbiology of the food chain—Method validation—Part 3: Protocol for the verification of reference methods and validated alternative methods in a single laboratory. Geneva: International Organization for Standardization.
- ISO 21528-2:2017. (2017). Microbiology of the food chain—Horizontal method for the detection and enumeration of Enterobacteriaceae—Part 2: Colony-count technique. Geneva: International Organization for Standardization.
- ISO 4832:2006. (2006). Microbiology of food and animal feeding stuffs—Horizontal method for the enumeration of coliforms—Colony count technique. Geneva: International Organization for Standardization.
- Jenkins, C., Bird, P.K., Wensley, A., Wilkinson, J., Aird, H., Mackintosh, A., Greig, D.R., Simpson, A., Byrne, L., Wilkinson, R., Godbole, G., Arunachalam, N., & Hughes, G.J. (2022). Outbreak of STEC O157:H7 linked to a milk pasteurisation failure at a dairy farm in South Yorkshire, England, 2019. Epidemiology and Infection, 150, e92. https://doi.org/10.1017/S0950268822000929
- Katase, M., & Tsumura, K. (2011). Enumeration of microorganisms in processed soy products with an automated most probable number method compared with the standard plate method. Letters in Applied Microbiology, 53, 539–545. https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2011.03143.x
- Lupattelli, A., Primavilla, S., Roila, R., Felici, A., & Tinaro, M. (2023). Microbiological safety and quality of meals and work surfaces in collective catering systems in Central Italy: A five-year monitoring study. Biology, 12(1), 64. https://doi.org/10.3390/biology12010064
- Maheux, A.F., Dion-Dupont, V., Bouchard, S., Bisson, M.A., Bergeron, M.G., & Rodriguez, M.J. (2015). Comparison of four β-glucuronidase and β-galactosidase-based commercial culture methods used to detect Escherichia coli and total coliforms in water. Journal of Water and Health, 13, 340–352. https://doi.org/10.2166/wh.2014.175
- Martin, N.H., Trmčić, A., Hsieh, T.H., Boor, K.J., & Wiedmann, M. (2016). The evolving role of coliforms as indicators of unhygienic processing conditions in dairy foods. Frontiers in Microbiology, 7, 1549. https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.01549
- Neil, K.P., Biggerstaff, G., MacDonald, J.K., Trees, E., Medus, C., Musser, K. A., Stroika, S., Zink, D., & Sotir, M.J. (2017). A multistate outbreak of Shiga toxin–producing Escherichia coli O121 infections associated with flour, United States, 2016. New England Journal of Medicine, 377, 2036–2043. https://doi.org/10.1056/NEJMoa1615910
- Owen, M., Willis, C., & Lamph, D. (2010). Evaluation of the TEMPO most probable number technique for the enumeration of Enterobacteriaceae in food and dairy products. Journal of Applied Microbiology, 109, 1810–1816. https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2010.04810.x
- Pniewski, P., Anusz, K., Tracz, M., Puchalska, M., Wiśniewski, J., Zarzyńska, J., Domrazek, K., Białobrzewski, I., Chrobak-Chmiel, D., & Jackowska-Tracz, A. (2024). Listeria monocytogenes challenge testing of ready-to-eat uncured vacuum-packed pork bars with dried plasma. Applied Sciences, 14(24), 12055. https://doi.org/10.3390/app142412055
- Rahman, R., Scharff, R.L., & Wu, F. (2023). Foodborne disease outbreaks in flour and flour-based food products from microbial pathogens in the United States, and their health economic burden. Risk Analysis, 43, 2519–2526. https://doi.org/10.1111/risa.14132
- Republic of Türkiye, (2025). Turkish Food Codex Microbiological Criteria Regulation (Regulation No. 32812). Retrieved from https://www.resmigazete.gov.tr/eskiler/2025/02/20250213-1.htm
- Skwarek, P., & Karwowska, M. (2025). The effect of tomato pomace on the oxidative and microbiological stability of raw fermented sausages with reduced addition of nitrites. International Journal of Food Science, 2025, 6146090. https://doi.org/10.1155/ijfo/6146090
- Thakali, A., & MacRae, J.D. (2021). A review of chemical and microbial contamination in food: What are the threats to a circular food system? Environmental Research, 194, 110635. https://doi.org/10.1016/j.envres.2020.110635
- Torlak, E., Akan, İ.M., & Gökmen, M. (2008). Comparison of TEMPO EC and TBX medium for the enumeration of Escherichia coli in cheese. Letters in Applied Microbiology, 47, 566–570. https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2008.02467.x
- United States Department of Agriculture (USDA), (2024, July 29). USDA proposes new policy to reduce Salmonella in raw poultry products. Retrieved from https://www.usda.gov/about-usda/news/press-releases/2024/07/29/usda-proposes-new-policy-reduce-salmonella-raw-poultry-products
- U.S. Food and Drug Administration (FDA), (2023). Bacteriological Analytical Manual (BAM) Chapter 4: Enumeration of Escherichia coli and the coliform bacteria. Retrieved from https://www.fda.gov/food/laboratory-methods-food/bam-chapter-4-enumeration-escherichia-coli-and-coliform-bacteria
- Yörük, N.G. (2018). Most probable number technique in Escherichia coli count using ISO 16649-3, ISO 7251, and rapid test enumeration device (TEMPO EC) methods in milk and dairy products. Journal of Food Safety, 38, e12502. https://doi.org/10.1111/jfs.12502
Ayrıntılar
| Birincil Dil | İngilizce |
|---|---|
| Konular | Bakteriyoloji |
| Bölüm | Araştırma Makalesi |
| Yazarlar | |
| Gönderilme Tarihi | 19 Kasım 2025 |
| Kabul Tarihi | 23 Şubat 2026 |
| Yayımlanma Tarihi | 28 Şubat 2026 |
| DOI | https://doi.org/10.31594/commagene.1821498 |
| IZ | https://izlik.org/JA35TN98CJ |
| Yayımlandığı Sayı | Yıl 2026 Sayı: 14 |
Kaynak Göster
Amaç ve Kapsam
Kommagene Biyoloji Dergisi, biyoloji alanında ulusal ve uluslararası düzeyde yapılan bilimsel çalışmaları bilim insanlarına, uzmanlara, öğrencilere ve kamuoyuna duyurmayı ve bu yolla bilimsel bilgiyi toplumla paylaşmayı, herhangi bir çıkar gözetmeksizin, özgün ve kaliteli çalışmaları hızlı bir şekilde yayımlamayı hedefleyen uluslararası bilimsel bir dergidir.
Kommagene Biyoloji Dergisi iki taraflı kör hakemli bir akademik dergi olup elektronik olarak basılmaktadır. Moleküler biyoloji, ekoloji, taxonomi, mikrobiyoloji, fizyoloji ve biyokimya gibi biyolojik bilimlerin tüm alanlarından daha önceden yayınlanmamış orjinal çalışmaları birleştirme misyonu gereği Kabul etmektedir. Derleme çalışmalar her sayıda sınırlı olarak editörler tarafından incelendikten sonra hakemlere gönderilebilir. Dergimiz açık erişimli bir dergi olup (açık erişim politikasına ulaşmak için tıklayınız) basım ve değerlendirme süreci için herhangi bir ücret talep edilmemektedir.
Yazım Kuralları
Genel Bilgi
Kommagene Biyoloji Dergisi, özgün araştırma makaleleri, derleme makaleler, vaka raporları, araştırma notu gibi biyolojinin tüm alanlarından yayınlanmamış orijinal araştırmaları kabul eder. Derleme makaleler, editörler tarafından her yıl için belirli bir sayıda değerlendirildikten sonra işleme alınması için kabul edilebilir.
Dergiye gönderilen makaleler herhangi bir intihal yazılımı yardımıyla taranmalı ve intihal programı sonuç raporu makale ile birlikte yüklenmelidir. Benzerlik oranı % 25 den az ve 1 kaynaktan % 5 ten az olmalı. Her türlü intihal içeren makale otomatik olarak reddedilecek ve yazarlar dergimize yazı sunma ve yayınlama hakkını kaybedeceklerdir. Editörler, makaleleri bir kategoriden diğerine taşıma hakkını saklı tutar.
Makaleler, yazım kurallarına uymadıklarında ve/veya derginin amacı ve kapsamı dışındaysa, hakem süreci başlamadan editörler tarafından reddedilebilir. Makaleler tüm yazarlar tarafından imzalanmış kapak ve telif hakkı devir mektubu ve yazar katkı formu ile gönderilmelidir. Kapak mektubu olmadan gönderilen makaleler işleme alınmaz.
Makalenin hazırlanması
Makale Microsoft Word, OpenOffice veya LibreOffice programında Times New Roman yazı tipinde, 12 punto, A4 boyutunda, kenar boşlukları tümkenarlarda 2,5 cm olarak yazılmalıdır, .doc veya .docx formatında kaydedilmelidir. Makale tüm başlıkları, tablo, şekiller ve kaynaklar ile birlikte 25 sayfayı geçmemeli
Sayfalar ilk sayfadan başlayarak sağ alt köşeden numaralandırılmalıdır.
Tüm makalelerin kapak sayfasında; Makalenin başlığı, Yazarların Adı ve Soyadı, ORCID numaralrı, Adresleri ve yazışmadan sorumlu yazarın iletişim bilgileri bulunmalıdır. Kapak sayfası makale ana dosyasından ayrı olarak sisteme yüklenmelidir.
Makaleler Türkçe veya İngilizce olarak sunulabilir. Özet her iki dilde yazılmalıdır.
Özetten sonra makalenin başlığında geçmeyen en az 4 en fazla 6 anahtar kelime verilmelidir.
Kaynakların yazımında APA stili takip edilmelidir (ayrıntılar için tıklayınız)
Tüm fotoğraf ve çizimler şekil olarak adlandırılmalıdır ve metin içerisinde atıf edilmelidir.
Tablolar hem makale dosyası içinde hem de ayrı birer Excel dosyası olarak sisteme yüklenmelidir.
Yazarlar göndermiş oldukları makaleye hakemlik yapmak üzere, konunun uzmanı olan 5 hakem adı önerir (Adı, Adresi, e-posta adresi). Bunlardan en az ikisi Makalenin yazıldığı ülkenin dışından olmalıdır. Editörler önerilen hakemleri tercih etmeyebilir.
Yazarlar makaleyi sisteme yüklemeden önce ön kontrol dosyasına (Ön kontrol dosyası indirmek için lütfen tıklayınız) göre makaleyi düzenlmek zorundadır. Dergi kurallarına göre hazırlanmayan makaleler değerlendirmeye alınmadan ret edilir.
Makale Düzeni
1. Kapak Sayfası (Başlık, yazar isimleri, adresleri, ORCID numaraları iletişime geçilen yazar bilgisi) ayrı bir dosya olarak sisteme yüklenmelidir.
2. Özet sayfası (İngilizce Başlık, İngilizce özet, anahtar kelimeler, Türkçe Başlık, Türkçe özet ve anahtar kelimeler);
3. Ana Metin (1. Giriş, 2. Materyal ve Metot, 3.Sonuçlar, 4.Tartışma)
4. Teşekkür
5. Kaynaklar
6. Tablo ve Şekil altı yazılarını takiben tablo ve şekiller
Özet: Kısa makale dahil tüm makale türlerinde en az 50, en fazla 250 kelimelik bir özet olmalı ve çalışmanın esas sonuçlarını içermelidir.
Anahtar Kelimeler: Özetten sonra makalenin başlığında geçmeyen en az 4 en fazla 6 anahtar kelime verilmelidir.
Giriş: Çalışma hakkında geçmişte yapılan araştırmalar özetlenmeli ve çalışmanın özel amacı belirtilmelidir
Materyal ve Yöntem: Bu bölümde gerekli ise deney ve arazi çalışmaları için alınan izinler hakkında yeterli bilgi verilmelidir. Çalışılan metod sadece yeni ise metodun detaylı tanımlanması yapılmalı aksi halde gereksiz tekrardan kaçınılarak kısaca sunulmalıdır.
Sonuçlar: Bu bölümde çalışmanın kısaca bulguları verilmelidir. Aynı verileri hem metinde hem de şekil veya tablo halinde vermekten kaçınılmalıdır.
Tartışma: Bu bölüm, sonuçların önemi ve makalenin amaçlarıyla olan ilişkilerini ele almalıdır. Ayrıca bu çalışmanın sonuçları ile konu hakkında bildiklerimizin nasıl etkilendiği açıklanmalıdır.
Kısa makale: Bu makale türü genellikle 3 veya 4 sayfadan az olarak sunulan makalelerdir. Öncelikle 180 kelimeden az bir özet sunulmalı daha sonra bölüm başlıkları olmadan metin verilmelidir.
Etik İlkeler ve Yayın Politikası
Commagene Journal of Biology (CJB), bilimsel bilginin güvenilir, şeffaf ve etik ilkeler doğrultusunda üretilmesini ve yayımlanmasını temel ilke olarak benimser. Dergimiz, yayın etiği konularında Committee on Publication Ethics (COPE), International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE) ve Yükseköğretim Kurulu (YÖK) Bilimsel Araştırma ve Yayın Etiği Yönergesi başta olmak üzere ulusal ve uluslararası standartlara bağlıdır.
Gönderilen çalışmaların özgün olması, daha önce herhangi bir yerde yayımlanmamış bulunması ve başka bir dergide eşzamanlı olarak değerlendirilmemesi gerekmektedir. Yazarlar, araştırmalarında kullandıkları verilerin doğru, şeffaf ve erişilebilir olmasını sağlamakla yükümlüdür. İnsan ve hayvan deneklerini içeren araştırmalarda ilgili etik kurul onayları ile yasal izinlerin alınması zorunlu olup, bu bilgiler makalede açıkça belirtilmelidir. Ayrıca, çıkar çatışmaları ve finansal destekler şeffaf biçimde beyan edilmeli, tüm yazarların çalışmaya gerçek katkısı bulunmalıdır.
Hakemler, değerlendirme sürecini gizlilik, tarafsızlık ve yapıcılık ilkeleri doğrultusunda yürütür. Çıkar çatışması bulunan durumlarda hakemlik görevinden çekilmek esastır. Hakem raporları yalnızca editoryal süreçte kullanılacak ve hiçbir şekilde üçüncü taraflarla paylaşılmayacaktır.
Editörler, yayın kararlarını yalnızca bilimsel içerik ve katkı temelinde alır; kişisel, kurumsal veya finansal çıkarlar bu sürece etki etmez. Editörler, tüm taraflara karşı adil, şeffaf ve sorumlu bir süreç yürütmeyi taahhüt eder. Etik ihlal şüphesi doğması halinde, COPE yönergeleri doğrultusunda gerekli incelemeler yapılır ve gerekirse düzeltme, geri çekme veya açıklama yayımlanır.
Commagene Journal of Biology, intihal, sahtecilik, veri tahrifi, çoklu yayın, dilimlenmiş yayın ve haksız yazarlık gibi her türlü etik ihlali kesin biçimde reddeder. Dergimiz, bilimsel iletişimde dürüstlük, şeffaflık ve akademik sorumluluk ilkelerini gözeterek, ulusal ve uluslararası akademik topluluk için güvenilir bir yayın ortamı sağlamayı amaçlar.
Ücret Politikası
Dergimiz açık erişimli bir dergi olup basım ve değerlendirme süreci için herhangi bir ücret talep edilmemektedir.
Dizinler
Dergi Kurulları
Baş Editör
Yönetici Editör
Teknik Editör
Dil Editörü (İngilizce)
Hacettepe Üniversitesi Eğitim Fakültesi İngilizce Öğretmenliği bölümü mezunu olan Nazmiye Gürel Cennetkuşu lisans eğitimini 2001 yılında tamamladı. Mezun olduktan sonra İngilizce öğretmeni olarak bir devlet ilkokulunda çalışmaya başladı. 2004 yılında Yükseköğretim Kurumu’ndan yurt dışında lisansüstü eğitim bursu kazandı. 2005 yılında SUNY at Buffalo (New York, ABD)’da öğrenimine başlayan Cennetkuşu yüksek lisansını TESOL alanında (2007), doktorasını ise İkinci ve Yabancı Dil Eğitimi (2010) alanlarında tamamladı. Harran Üniversitesi öğretim üyesi olarak çalışırken, 2014 yılında TÜBİTAK’tan doktora sonrası araştırma bursu kazandı. “akademik yazmada başarılı uygulamaların incelenmesi” üzerine ABD’de uluslararası lisansüstü öğrenim gören öğrencilerle çalıştı. Halen Harran Üniversitesi Mütercim-Tercümanlık bölüm başkanı ve Yabancı Diller Yüksek Okulu müdür yardımcısı olarak görev yapan Dr. Öğretim Üyesi Nazmiye Gürel Cennetkuşu’nun ilgi alanları ileri düzey ikinci dil edinimi, ikinci/yabancı dilde ileri düzeyde akademik yazma, kültürel çalışmalar ve yabancı dil politikasıdır.
Dil Editörü (Türkçe)
Süleyman Aydeniz 03.02.1964 Kütahya/Emet doğumludur. İlk ve orta öğrenimini ilde tamamladıktan sonra lisans eğitimini Atatürk Üniversitesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünde (1986) bitirdi. Afyon Kocatepe Üniversitesi Türk Dili Eğitimi Bilim Dalında Yüksek lisans (1996) ve İnönü Üniversitesi Türk Dili Eğitimi Bilim Dalında da Doktora (2008) eğitimini tamamladı. 2008’den 03.03.2023’e kadar Muş Alparslan Üniversitesinde Dr. Öğretim Üyesi olarak çalıştı. Aynı kurumda 03.03.2023 tarihinden beri Doçent Dr. Olarak çalışmaktadır. Türkçenin çeşitli alanlarında çalışmalar yapmaktadır. Evli ve dört çocuk babasıdır.
İstatistik Editörü
I was born in 1972 in Diyarbakır/Kulp/Malabazi. I completed primary and secondary school in Kulp district and high school in Diyarbakır. I completed my undergraduate studies at Dicle University, Faculty of Arts and Sciences, Department of Mathematics in 1988-1993, master's degree at Harran University, Department of Mathematics in 1993-1995, doctorate studies at Harran and Gazi Universities in 1995-1998. I worked as a Research Assistant at Harran University Institute of Science and Technology in 1994-1995, as a Lecturer at the Faculty of Arts and Sciences in 1995-1998, as a Lecturer in 1998-2008, as an Assistant Professor in 2008-2009. I worked as Hospital Information Management Systems Manager at the Research and Application Hospital in 2001-2009. In 2009-2018, I worked as Asst. Prof. Dr. in Dicle University Faculty of Medicine, Department of Biostatistics. I worked as Quality Consultant to the Chief Physician of Dicle University Hospital in 2009-2016, Project Unit Responsible in 2014-2018, Assistant Chief Physician between 2016-2020, Hospital Quality Director between 2016-2022. Biostatistics & Biometry, Statistical Software, Satisfaction Surveys, Medical Informatics, Strategic Management, Quality, Accreditation, Innovation, EU Projects, Civil Society and Senior Management Consultancy are my research interests. I am a member of the Biostatistics Association. I am the founder and President of the International GAP Health Tourism Association. I am married and have four children
Mizanpaj Editörü
Alan Editörleri
Dr. Ahmad Ali is currently working as Associate Professor in the Department of Life Sciences, University of Mumbai, Mumbai, India. Earlier he worked in the National Institute of Pharmaceutical Education and Research (NIPER). He studied at Jamia Hamdard, New Delhi and University of Mumbai obtaining his M. Sc. and Ph. D. degree in Biochemistry and Life Sciences respectively. He has over 18 years of teaching and research experience. Presently he is heading the Molecular Biochemistry Laboratory in the Department where he is supervising MSc and PhD students. His areas of research are Protein and DNA Biochemistry with special contributions on Glycation of biomolecules, DNA damage, therapeutic potential of natural products in metabolic disorders. He has also made significant contributions in the area of artificial sweeteners and their role in the process of glycation. Cyanobacterial systems are another thrust area in his lab where researchers are exploring various applications of these organisms in the field of bioremediation, cosmetics and health benefits. He has received several extramural grants from Government and private funding agencies. He has collaborators from National and International laboratories. He is also a recipient of EMBO Travel Grant to attend European Molecular Biology Organization (EMBO) Research Course and CSIR Travel grant to attend International conference. He is serving as the Reviewer and member of Editorial board of various international journals like Chemosphere, Frontiers in Plant Sciences and Microbiology, Glycobiology, International Journal of Biological Macromolecules, and other journals of Elsevier, Frontiers, Springer etc. He has contributed more than 100 research articles in peer-reviewed national and international journals. He is also author of one book and more than 40 book chapters from Springer, Taylor & Francis and Elsevier publishing houses. He has presented his work in many international and national conferences as Invited Speakers and Resource persons. He has also worked as a Member of the organizing committee for many of these conferences. He was invited by the University of Debrecen, Hungary as Visiting Faculty and University of Agricultural Sciences and Veterinary Medicine, Cluj-Napoca, Romania on a Erasmus Mobility Program in 2024. Recently he also visited King Saud University to strengthen the ongoing collaborative projects and mentoring students for their Research projects.
26.02.1982 tarihinde Malatya’da doğdu. İlk, Orta ve Lise öğrenimini Malatya’da tamamladıktan sonra 2004 yılında İnönü Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümünden mezun oldu. 2006 yılında İnönü Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalında yüksek lisansını tamamladı. Aynı yıl İnönü Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalında doktora öğrenimine başladı ve 2012 yılında doktora öğrenimini tamamladı. Evli ve iki çocuk babasıdır.
Sekreterya
Bilim Kurulu
Faraham Ahmadzadeh is an associate professor of biodiversity and nature conservation in the Department of Biodiversity and Ecosystem Management at the Environmental Sciences Research Institute of Shahid Beheshti University in Iran. He earned his Ph.D. in Biology from the Faculty of Mathematics and Natural Sciences at Bonn University in Germany in 2013. With over two decades of experience, he has dedicated his work to biodiversity and wildlife conservation. He has authored over 100 papers in peer-reviewed journals and mentored 40 postgraduate students, focusing on molecular biodiversity, molecular ecology, and conservation. He has collaborated on national and international projects, honing his teamwork skills. Over the last nine years, he has been recognized four times as one of the top researchers at his university in Iran. He encourages his working group to analyze ecological and evolutionary processes that have shaped the diversity of life on our planet and to cultivate a profound appreciation for the natural world.
I am a Full Professor of Biology at Ege University (Izmir, Turkey), specializing in biogeography, biodiversity, and ecology. With nearly 20 years of experience, my research focuses on ecological and mechanistic niche modeling, population dynamics, and conservation biology. I work extensively on Turkey’s herpetofauna and Eurasian biodiversity, and actively collaborate with national and international institutions.
Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Su Ürünleri Fakültesi’nde Doktor Öğretim Üyesi olarak görev yapan Dr. Mustafa Akkuş, balıkçılık yönetimi, av araçları, coğrafi bilgi sistemleri (CBS), uzaktan algılama ve avcılık konularında uzmanlaşmıştır. Lisans eğitimini 2007 yılında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Ziraat Fakültesi Su Ürünleri Bölümü’nde tamamlayan Akkuş, yüksek lisans ve doktora derecelerini aynı üniversiteden sırasıyla 2010 ve 2016 yıllarında almıştır. Akademik kariyerine başladığı Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi’nde halen Dr. Öğretim Üyesi olarak çalışmaktadır.
I am a professor of Invertebrate Zoology and Ecology at the University of Oradea, Department of Biology, PhD coordinator at Biomedical Sciences Doctoral School of our university.
My main research interests are macrozoobenthic invertebrate communities, the impact of invasive species, conservation biology in protected areas, and human impacts on fauna (transport, hydrotechnical structures, pollution).
1981 yılında Zonguldak'ta doğdu. 2003 yılında İstanbul Üniversitesi Eczacılık Fakültesi'nde lisans öğrenimini tamamladı. 2003-2004 yılları arasında Yeni İlaç Hammaddeleri ve Tic. A.Ş.'de Ruhsatlandırma sorumlusu olarak çalıştı. 2004 yılında İstanbul Üniversitesi Eczacılık Fakültesi Farmakognozi Anabilim Dalı'nda yüksek lisans eğitimine başladı ve araştırma görevlisi olarak çalışmaya başladı. 2007 yılında yüksek lisans, 2011 yılında doktora eğitimlerini tamamladı. 2014 yılında Yardımcı Doçent olarak atandı. 2017-2018 yılları arasında Tubitak 2219A bursuyla 1 yıl süreyle Amerika Birleşik Devletleri'nde National Cancer Institute, Molecular Targets Program laboratuarında postdoc çalışmalarını yürüttü. 2020 yılında doçent ünvanını aldı.
Shahin Gavanji, İran’ın önde gelen araştırmacılarından ve seçkin bilim insanlarından biridir. Biyoteknoloji ve kanser karşıtı çalışmalar alanındaki bilimsel ve araştırma faaliyetleri, ulusal ve uluslararası düzeyde dikkat çekmiş ve takdir edilmiştir. Profesyonel kariyeri boyunca 30’dan fazla uluslararası madalya, 33 ulusal ödül ve saygın bir burs kazanmıştır. Yenilikçi başarıları; Amerika Birleşik Devletleri, Birleşik Krallık, Almanya, Japonya, Hırvatistan, Polonya, Macaristan, Tayvan, Çin, Rusya, Sırbistan, Romanya, Birleşik Arap Emirlikleri ve Moldova gibi ülkelerde düzenlenen uluslararası yarışmalardan kazandığı altın madalyalarla tescillenmiştir. Öne çıkan başarıları arasında, Macaristan Mucitler Derneği’nden Dâhiler Madalyası, Polonya’nın Varşova kentinde IWIS Uluslararası Ödülü ve Sırbistan’dan Nikola Tesla Madalyası yer almaktadır. 2025 yılında, Tayvan’dan Dünya Üstün Bilim İnsanı Ödülü ve Rusya’dan Küresel Arşimet Bilim Ödülünü almıştır. Ayrıca, Tayvan ve Çin Mucitler Dernekleri tarafından En İyi Araştırmacı unvanına layık görülmüştür. Gavanji, Rusya Federasyonu Tarım Bakanlığı tarafından da onurlandırılmış ve şimdiye kadar iki kez Dünya Buluş Fikri Mülkiyet Derneği (WIIPA)’nın özel madalyasını kazanmıştır. Ayrıca, Romanya Politeknik Üniversitesi, Rusya Ulusal Üniversitesi, Moldova Üniversitesi ve diğer uluslararası bilimsel kurumlar ile akademik kuruluşlardan çok sayıda ödül almıştır. Uluslararası bilimsel başarılarının yanı sıra, Shahin Gavanji, İran’da Yılın En İyi Mucidi ve İran’ın En Başarılı Genci unvanlarının da sahibidir. Hâlihazırda Dünya Tıp Bilimleri Akademisi’nin Asya Kıtası Bölüm Başkanı olarak görev yapmaktadır.
Bu dergide yayınlanan eserler Creative Commons Atıf-GayriTicari-AynıLisanslaPaylaş 4.0 Uluslararası Lisansı ile lisanslanmıştır.