Artuklu Akademi Dergisi, makale değerlendirmelerinde “Çift Kör Hakem Uygulaması”nı benimsemektedir. Bu sebeple yazarın adı veya yazarın kimliğini açık edecek şekilde dipnotlarda yer alacak herhangi bir bilgiye yer verilmemelidir.

Tüm çalışmalar öncelikle editör tarafından dergiye uygunluk açısından değerlendirilir. Uygun olmayanlar red edilir, uygun görülenler "alan editörüne" gönderilerek içerik değerlendirmesi hakkında görüşüne danışılır. Alan editörünün uygun görmediği makale red edilir, uygun gördükleri teknik incelemeler için "teknik ekibe" gönderilir. Teknik ekip, makaleyi şablona ve isnad atıf sistemine uygunluk açısından inceler, hataların ya da eksikliklerin tespiti durumunda gerekli düzenlemelerin yapılması için makaleyi yazara gönderir. Yazar tarafından gerekli düzeltmeler yapılmadığı taktirde makale red edilir.
Gerekli düzenlemeler yapıldıktan sonra makale bilimsel yönden değerlendirilmek üzere en az iki bağımsız uzman hakeme gönderilir.

Çalışmalar, en az iki hakemin olumlu kararı ile yayımlanabilir. İki hakemden birinin olumsuz kanaat belirmesi halinde çalışma, üçüncü bir hakeme gönderilir. En az iki hakemin olurunu almış makale, özel bir durum olmadığı taktirde, gerekli düzenlemeler yapılarak yayıma hazır hale getirilir. Derginin azami makale yayımlama sayısına ulaşıldıktan sonra kalan makalelerin değerlendirmeleri, bir sonraki sayı için devam eder.  

Editör, yayınlanmak üzere gönderilen makalelerin adil bir şekilde çift-kör hakem değerlendirmesini yapar ve gönderilen makalelerle ilgili tüm bilgilerin yayınlanmadan önce gizli tutulmasını sağlar.