Prof. Dr. Hüseyin İlhan 1982 yılı Ege Üniversitesi Tıp Fakültesini bitirdikten sonra Bodrum-Mumcular Sağlık Ocağında 1985 yılına kadar Sağlık Ocağı Hekimi olarak çalıştı. 1985-1991 yıllarında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Cerrahisi Anabilim Dalında uzmanlık eğitimini tamamlayarak Çocuk Cerrahisi uzmanı oldu. Prof. Dr. Hüseyin İlhan 1992 yılında Eskişehir Anadolu Üniversitesi Tıp Fakültesinde çocuk cerrahisi uzmanı olarak göreve başlamış ve daha sonra Eskişehir Osmangazi Üniversitesi adını alan aynı üniversitede Çocuk Cerrahisi Anabilim Dalını kurmuştur.
Yıllar içerisinde Hastane ve Fakülte Yönetim Kurullarında çalışmış, iki dönem Dekan yardımcılığı görevinde bulunmuştur. Cerrahi çalışmaların yanında tıp eğitimi için fakültedeki hemen hemen tüm kurullarda görev almış ve 2014 yılında Tıp Eğitimi Anabilim Dalını kurmuştur. Prof. Dr. Hüseyin İlhan bir bilim alanı olan eğitimi tıp fakültelerinde bilimsel temele dayalı olarak geliştirebilmek amacıyla “Eğitim Programları ve Öğretim Programı” doktorasını yapmıştır. Halen Fakültede 2005 yılından beri kesintisiz sürdürülen eğitici gelişimi programlarının koordinatörlüğünü yürütmektedir.
Çocuk Cerrahisi uzmanlık öğrencilerinin yeterlik ve yetkinliklerini artırmak, eğitim kalitesini geliştirmek için kurulan Çocuk Cerrahisi Uzmanlık Yeterlik Kurulunda uzun yıllar çalışmış ve 2016-2020 yıllarında Yeterlik Kurulu Başkanlığı görevinde bulunmuştur. Çocuk cerrahisi uzmanlarının meslek kuruluşu olan Türkiye Çocuk Cerrahisi Derneğinde üç dönem çalışmış ve 2021-2023 yılları arasında Dernek Başkanlığı görevinde bulunmuştur.
Prof. Dr. Hüseyin İlhan Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Cerrahisi Anabilim Dalı Başkanlığı görevini sürdürmekte olup cerrahi ve eğitim alanında çocuk göğüs cerrahisi, tıp eğitiminde program geliştirme, ölçme-değerlendirme ve tıbbi resimleme ilgi alanlarıdır.