Trakya Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi yayın hayatına 2000 yılında "Trakya Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Dergisi, B Serisi Fen Bilimleri" olarak başlamış, 2004 yılında "Trakya Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi" adı altında devam etmiştir. 2012 yılında "Trakya University Journal of Natural Sciences" ve "Trakya University Journal of Engineering Sciences” olarak iki dergiye ayrılmıştır. Her iki dergi de yayın hayatına devam etmektedir.