Termotolerant Komagataeibacter melomenusus AAB2’nin karşılaştırmalı filogenetik ve tüm genoma dayalı identifikasyonu ile karbonhidrat aktif enzimlerinin in silico analizi
Abstract
Ana bileşeni asetik asit olan sirke ve ilgili biyoürünler, organoleptik özellikleri ve sağlık üzerindeki olumlu etkileri nedeniyle başta Avrupa ve Asya olmak üzere dünya genelinde yaygın olarak tüketilen gıda maddeleri arasında yer almaktadır. Endüstriyel ölçekte asetik asit üretimi, ağırlıklı olarak Acetobacter ve Komagataeibacter cinslerine dayanmaktadır. Bu çalışmada, daha önce elma sirkesinden izole edilen termotolerant bir asetik asit bakterisi olan Komagataeibacter sp. AAB2 suşunun tüm genom dizilimi gerçekleştirilmiş, genotaksonomik konumu belirlenmiş ve potansiyel endüstriyel uygulamalarını incelemek amacıyla karbonhidrat-aktif enzim (CAZyme) profili analiz edilmiştir. 16S rRNA gen dizisi analizleri, AAB2’nin K. nataicola ile %98,90, recA aminoasit dizisi analizleri ise K. medellinensis ile %99,42 oranında homoloji gösterdiğini ortaya koymuştur. Illumina NovaSeq 6000 platformu ile elde edilen genom verisine göre, AAB2’nin genom uzunluğu 3.471.305 baz çifti olup, tüm genom analizleri sonucunda elde edilen ortalama nükleotid benzerliği (ANI) %99,01 ve dijital DNA-DNA hibridizasyon (dDDH) skoru %91,10 olarak bulunmuştur. Bu veriler, AAB2 suşunun K. melomenusus türüne ait olduğunu güçlü biçimde desteklemektedir. Fonksiyonel anotasyon sonucunda toplam 69 CAZyme kodlayan gen tanımlanmış olup, bunların büyük çoğunluğu glikoziltransferazlar (GT) ve glikozit hidrolazlar (GH) sınıfına aittir. Ayrıca karbonhidrat esterazları (CE), yardımcı aktiviteler (AA) ve karbonhidrat bağlayıcı modüller (CBM) ile ilişkili genler de tespit edilmiştir. Bu bulgular, AAB2 suşunun karbonhidrat metabolizmasında geniş bir genetik kapasiteye sahip olduğunu ve potansiyel biyoteknolojik uygulamalar için değerli bir kaynak olabileceğini göstermektedir. Sonuç olarak, genomik ve diğer omik tabanlı yaklaşımlar, asetik asit bakterilerinin hem tür düzeyinde taksonomik sınıflandırılmasında hem de fermentatif kapasitelerinin değerlendirilmesinde altın standart olarak önemini sürdürmektedir.
Supporting Institution
TÜBİTAK
Project Number
124Z585
Thanks
Bu çalışma TÜBİTAK 1002-A Hızlı Destek Programı kapsamında 124Z585 numaralı proje ile desteklenmiştir
References
- Ali, Z., Wang, Z., Amir, R. M., Younas, S., Wali, A., Adowa, N., & Ayim, I. (2016). Potential uses of vinegar as a medicine and related in vivo mechanisms. International Journal for Vitamin and Nutrition Research, 86(3-4), 140-151.
- Barten, R., Van Workum, D. J. M., de Bakker, E., Risse, J., Kleisman, M., Navalho, S., & Barbosa, M. J. (2022). Genetic mechanisms underlying increased microalgal thermotolerance, maximal growth rate, and yield on light following adaptive laboratory evolution. BMC Biology, 20(1), 242.
- Brandão, P. R., Crespo, M. T., & Nascimento, F. X. (2022). Phylogenomic and comparative analyses support the reclassification of several Komagataeibacter species as novel members of the Novacetimonas gen. nov. and bring new insights into the evolution of cellulose synthase genes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 72(2), 005252.
- Drula, E., Garron, M. L., Dogan, S., Lombard, V., Henrissat, B., & Terrapon, N. (2022). The carbohydrate-active enzyme database: functions and literature. Nucleic Acids Research, 50(D1), D571-D577.
- Eren Eroğlu, A. E., Eroğlu, V., & Yaşa, İ. (2024). Genomic insights into the symbiotic and plant growth-promoting traits of “Candidatus Phyllobacterium onerii” sp. nov. isolated from endemic Astragalus flavescens. Microorganisms, 12(2), 336.
- Garron, M. L., & Henrissat, B. (2019). The continuing expansion of CAZymes and their families. Current Opinion in Chemical Biology, 53, 82-87.
- Ghimire, N., Han, S. R., Kim, B., Jung, S. H., Park, H., Lee, J. H., & Oh, T. J. (2021). Complete genome sequencing and comparative CAZyme analysis of Rhodococcus sp. PAMC28705 and PAMC28707 provide insight into their biotechnological and phytopathogenic potential. Archives of Microbiology, 203(4), 1731-1742.
- Gomes, R. J., de Fatima Borges, M., de Freitas Rosa, M., Castro-Gómez, R. J. H., & Spinosa, W. A. (2018). Acetic acid bacteria in the food industry: systematics, characteristics and applications. Food Technology and Biotechnology, 56(2), 139.
- Grant, J. R., Enns, E., Marinier, E., Mandal, A., Herman, E. K., Chen, C. Y., & Stothard, P. (2023). Proksee: in-depth characterization and visualization of bacterial genomes. Nucleic Acids Research, 51(W1), W484-W492.
- Gullo, M., Verzelloni, E., & Canonico, M. (2014). Aerobic submerged fermentation by acetic acid bacteria for vinegar production: Process and biotechnological aspects. Process Biochemistry, 49(10), 1571-1579.
- Harirchi, S., Sar, T., Ramezani, M., Aliyu, H., Etemadifar, Z., Nojoumi, S. A., & Taherzadeh, M. J. (2022). Bacillales: from taxonomy to biotechnological and industrial perspectives. Microorganisms, 10(12), 2355.
- Kaczmarek, M., Jędrzejczak-Krzepkowska, M., & Ludwicka, K. (2022). Comparative analysis of bacterial cellulose membranes synthesized by chosen komagataeibacter strains and their application potential. International Journal of Molecular Sciences, 23(6), 3391.
- Kersters, K., De Vos, P., Gillis, M., Swings, J., Vandamme, P., & Stackebrandt, E. R. K. O. (2006). Introduction to the Proteobacteria. In The prokaryotes (pp. 3-37). Springer, New York, NY.
- Liang, T., Jiang, T., Liang, Z., Zhang, N., Dong, B., Wu, Q., & Gu, B. (2023). Carbohydrate-active enzyme profiles of Lactiplantibacillus plantarum strain 84-3 contribute to flavor formation in fermented dairy and vegetable products. Food Chemistry: X, 20, 101036.
- Lisdiyanti, P., Navarro, R. R., Uchimura, T., & Komagata, K. (2006). Reclassification of Gluconacetobacter hansenii strains and proposals of Gluconacetobacter saccharivorans sp. nov. and Gluconacetobacter nataicola sp. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 56(9), 2101-2111.
- Luzón-Quintana, L. M., Castro, R., & Durán-Guerrero, E. (2021). Biotechnological processes in fruit vinegar production. Foods, 10(5), 945.
- McDermott, P. F., Tyson, G. H., Kabera, C., Chen, Y., Li, C., Folster, J. P., & Zhao, S. (2016). Whole-genome sequencing for detecting antimicrobial resistance in nontyphoidal Salmonella. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 60(9), 5515-5520.
- Plouhinec, L., Neugnot, V., Lafond, M., & Berrin, J. G. (2023). Carbohydrate-active enzymes in animal feed. Biotechnology Advances, 65, 108145.
- Richter, M., & Rosselló-Móra, R. (2009). Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition. Proceedings of the National Academy of Sciences, 106(45), 19126-19131.
- Ronholm, J., Nasheri, N., Petronella, N., & Pagotto, F. (2016). Navigating microbiological food safety in the era of whole-genome sequencing. Clinical microbiology reviews, 29(4), 837-857.
- Saichana, N., Matsushita, K., Adachi, O., Frébort, I., & Frebortova, J. (2015). Acetic acid bacteria: A group of bacteria with versatile biotechnological applications. Biotechnology Advances, 33(6), 1260-1271.
- Sengun, I. Y. (2015). Acetic acid bacteria in food fermentations. Fermented Foods: Part, 1, 91-111.
- Sengun, I. Y., & Karabiyikli, S. (2011). Importance of acetic acid bacteria in food industry. Food Control, 22(5), 647-656.
- Shi, Y., Wang, X., & Huang, A. (2018). Proteomic analysis and food-grade enzymes of Moringa oleifer Lam. a Lam. flower. International Journal of Biological Macromolecules, 115, 883-890.
- Thompson, C. C., Vidal, L., Salazar, V., Swings, J., & Thompson, F. L. (2021). Microbial genomic taxonomy. Trends in The Systematics of Bacteria and Fungi, 168-178.
- Toklu, K., Karahan, A., & Eroğlu, A. E. E. (2023). Investigation of the biotechnological potential of acetic acid bacteria isolated from vinegars produced by traditional methods. In Proceedings of the I. International Black Sea Scientific Research and Innovation Congress (pp. 1199–1209). Trabzon, Türkiye.
- Tyler, A. D., Mataseje, L., Urfano, C. J., Schmidt, L., Antonation, K. S., Mulvey, M. R., & Corbett, C. R. (2018). Evaluation of Oxford Nanopore’s MinION sequencing device for microbial whole genome sequencing applications. Scientific Reports, 8(1), 10931.
- Zhang, E., Breselge, S., Carlino, N., Segata, N., Claesson, M. J., & Cotter, P. D. (2025). A genomics-based investigation of acetic acid bacteria across a global fermented food metagenomics dataset. iScience, 28(4), 1-14.
Comparative phylogenetic and whole-genome-based identification of thermotolerant Komagataeibacter melomenusus AAB2 and in silico analysis of carbohydrate-active enzymes
Abstract
| Vinegar and related bio-products, whose main component is acetic acid, are widely consumed worldwide, particularly in Europe and Asia, due to their organoleptic properties and health-promoting effects. Industrial production of acetic acid primarily relies on bacteria of the Acetobacter and Komagataeibacter genera. In this study, the complete genome of a thermotolerant acetic acid bacterium, Komagataeibacter sp. AAB2, previously isolated from apple vinegar, was sequenced, its genotaxonomic position was determined, and its carbohydrate-active enzyme (CAZyme) profile was analyzed to evaluate its potential industrial applications. Analysis of the 16S rRNA gene indicated 98.90% homology with K. nataicola, whereas recA amino acid sequence analysis revealed 99.42% similarity with K. medellinensis. Genome sequencing on the Illumina NovaSeq 6000 platform revealed that AAB2 has a genome of 3,471,305 base pairs. Comparative genomic analyses yielded an average nucleotide identity (ANI) of 99.01% and a digital DNA-DNA hybridization (dDDH) score of 91.10%, strongly supporting the classification of AAB2 as K. melomenusus. Functional annotation identified 69 CAZyme-encoding genes, predominantly glycosyltransferases (GT) and glycoside hydrolases (GH), with additional genes associated with carbohydrate esterases (CE), auxiliary activities (AA), and carbohydrate-binding modules (CBM). These findings indicate that AAB2 harbors a diverse genetic capacity for carbohydrate metabolism and represents a valuable resource for potential biotechnological applications. In conclusion, genomic and other omics-based approaches continue to serve as the gold standard for both species-level taxonomic classification and evaluation of fermentative capabilities in acetic acid bacteria. |
Supporting Institution
TUBITAK
Project Number
124Z585
Thanks
This work was supported by the TÜBİTAK 1002-A Rapid Support Program with project number 124Z585.
References
- Ali, Z., Wang, Z., Amir, R. M., Younas, S., Wali, A., Adowa, N., & Ayim, I. (2016). Potential uses of vinegar as a medicine and related in vivo mechanisms. International Journal for Vitamin and Nutrition Research, 86(3-4), 140-151.
- Barten, R., Van Workum, D. J. M., de Bakker, E., Risse, J., Kleisman, M., Navalho, S., & Barbosa, M. J. (2022). Genetic mechanisms underlying increased microalgal thermotolerance, maximal growth rate, and yield on light following adaptive laboratory evolution. BMC Biology, 20(1), 242.
- Brandão, P. R., Crespo, M. T., & Nascimento, F. X. (2022). Phylogenomic and comparative analyses support the reclassification of several Komagataeibacter species as novel members of the Novacetimonas gen. nov. and bring new insights into the evolution of cellulose synthase genes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 72(2), 005252.
- Drula, E., Garron, M. L., Dogan, S., Lombard, V., Henrissat, B., & Terrapon, N. (2022). The carbohydrate-active enzyme database: functions and literature. Nucleic Acids Research, 50(D1), D571-D577.
- Eren Eroğlu, A. E., Eroğlu, V., & Yaşa, İ. (2024). Genomic insights into the symbiotic and plant growth-promoting traits of “Candidatus Phyllobacterium onerii” sp. nov. isolated from endemic Astragalus flavescens. Microorganisms, 12(2), 336.
- Garron, M. L., & Henrissat, B. (2019). The continuing expansion of CAZymes and their families. Current Opinion in Chemical Biology, 53, 82-87.
- Ghimire, N., Han, S. R., Kim, B., Jung, S. H., Park, H., Lee, J. H., & Oh, T. J. (2021). Complete genome sequencing and comparative CAZyme analysis of Rhodococcus sp. PAMC28705 and PAMC28707 provide insight into their biotechnological and phytopathogenic potential. Archives of Microbiology, 203(4), 1731-1742.
- Gomes, R. J., de Fatima Borges, M., de Freitas Rosa, M., Castro-Gómez, R. J. H., & Spinosa, W. A. (2018). Acetic acid bacteria in the food industry: systematics, characteristics and applications. Food Technology and Biotechnology, 56(2), 139.
- Grant, J. R., Enns, E., Marinier, E., Mandal, A., Herman, E. K., Chen, C. Y., & Stothard, P. (2023). Proksee: in-depth characterization and visualization of bacterial genomes. Nucleic Acids Research, 51(W1), W484-W492.
- Gullo, M., Verzelloni, E., & Canonico, M. (2014). Aerobic submerged fermentation by acetic acid bacteria for vinegar production: Process and biotechnological aspects. Process Biochemistry, 49(10), 1571-1579.
- Harirchi, S., Sar, T., Ramezani, M., Aliyu, H., Etemadifar, Z., Nojoumi, S. A., & Taherzadeh, M. J. (2022). Bacillales: from taxonomy to biotechnological and industrial perspectives. Microorganisms, 10(12), 2355.
- Kaczmarek, M., Jędrzejczak-Krzepkowska, M., & Ludwicka, K. (2022). Comparative analysis of bacterial cellulose membranes synthesized by chosen komagataeibacter strains and their application potential. International Journal of Molecular Sciences, 23(6), 3391.
- Kersters, K., De Vos, P., Gillis, M., Swings, J., Vandamme, P., & Stackebrandt, E. R. K. O. (2006). Introduction to the Proteobacteria. In The prokaryotes (pp. 3-37). Springer, New York, NY.
- Liang, T., Jiang, T., Liang, Z., Zhang, N., Dong, B., Wu, Q., & Gu, B. (2023). Carbohydrate-active enzyme profiles of Lactiplantibacillus plantarum strain 84-3 contribute to flavor formation in fermented dairy and vegetable products. Food Chemistry: X, 20, 101036.
- Lisdiyanti, P., Navarro, R. R., Uchimura, T., & Komagata, K. (2006). Reclassification of Gluconacetobacter hansenii strains and proposals of Gluconacetobacter saccharivorans sp. nov. and Gluconacetobacter nataicola sp. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 56(9), 2101-2111.
- Luzón-Quintana, L. M., Castro, R., & Durán-Guerrero, E. (2021). Biotechnological processes in fruit vinegar production. Foods, 10(5), 945.
- McDermott, P. F., Tyson, G. H., Kabera, C., Chen, Y., Li, C., Folster, J. P., & Zhao, S. (2016). Whole-genome sequencing for detecting antimicrobial resistance in nontyphoidal Salmonella. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 60(9), 5515-5520.
- Plouhinec, L., Neugnot, V., Lafond, M., & Berrin, J. G. (2023). Carbohydrate-active enzymes in animal feed. Biotechnology Advances, 65, 108145.
- Richter, M., & Rosselló-Móra, R. (2009). Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition. Proceedings of the National Academy of Sciences, 106(45), 19126-19131.
- Ronholm, J., Nasheri, N., Petronella, N., & Pagotto, F. (2016). Navigating microbiological food safety in the era of whole-genome sequencing. Clinical microbiology reviews, 29(4), 837-857.
- Saichana, N., Matsushita, K., Adachi, O., Frébort, I., & Frebortova, J. (2015). Acetic acid bacteria: A group of bacteria with versatile biotechnological applications. Biotechnology Advances, 33(6), 1260-1271.
- Sengun, I. Y. (2015). Acetic acid bacteria in food fermentations. Fermented Foods: Part, 1, 91-111.
- Sengun, I. Y., & Karabiyikli, S. (2011). Importance of acetic acid bacteria in food industry. Food Control, 22(5), 647-656.
- Shi, Y., Wang, X., & Huang, A. (2018). Proteomic analysis and food-grade enzymes of Moringa oleifer Lam. a Lam. flower. International Journal of Biological Macromolecules, 115, 883-890.
- Thompson, C. C., Vidal, L., Salazar, V., Swings, J., & Thompson, F. L. (2021). Microbial genomic taxonomy. Trends in The Systematics of Bacteria and Fungi, 168-178.
- Toklu, K., Karahan, A., & Eroğlu, A. E. E. (2023). Investigation of the biotechnological potential of acetic acid bacteria isolated from vinegars produced by traditional methods. In Proceedings of the I. International Black Sea Scientific Research and Innovation Congress (pp. 1199–1209). Trabzon, Türkiye.
- Tyler, A. D., Mataseje, L., Urfano, C. J., Schmidt, L., Antonation, K. S., Mulvey, M. R., & Corbett, C. R. (2018). Evaluation of Oxford Nanopore’s MinION sequencing device for microbial whole genome sequencing applications. Scientific Reports, 8(1), 10931.
- Zhang, E., Breselge, S., Carlino, N., Segata, N., Claesson, M. J., & Cotter, P. D. (2025). A genomics-based investigation of acetic acid bacteria across a global fermented food metagenomics dataset. iScience, 28(4), 1-14.
Details
| Primary Language | Turkish |
|---|---|
| Subjects | Food Biotechnology, Food Microbiology |
| Journal Section | Research Article |
| Authors | |
| Project Number | 124Z585 |
| Submission Date | September 30, 2025 |
| Acceptance Date | December 4, 2025 |
| Early Pub Date | February 26, 2026 |
| Publication Date | February 26, 2026 |
| IZ | https://izlik.org/JA96HK66EE |
| Published in Issue | Year 2026 Issue: Advanced Online Publication |
Cite
Aim & Scope
Tamamen açık erişimli bir bilim dergisi olan ITU Journal of Food Science and Technology Dergisi için aşağıda sıralanan maddeler derginin temel amaçlarını oluşturmaktadır:
1. Gıda işleme ve mühendisliği, gıda bilimi, gıda güvenliği ve muhafazası, gıda biyoteknolojisi ve gıdaların fiziksel, kimyasal ve duyusal özellikleri alanında elde edilen bilimsel çıktıların ilgili paydaşlar ile paylaşılmasını sağlamak
2. Tüm toplumun bilimsel ve teknolojik ilerlemesine katkı vermek
3. Gıda ile ilgili konularda bilinci artırmak
ITU Journal of Food Science and Technology Dergisinin kapsamını aşağıdaki maddelerde sıralanan konular oluşturmaktadır:
• Gıda Kimyası
• Gıda Teknolojisi
• Gıda Mikrobiyolojisi
• Gıda Mühendisliği
• Biyoteknoloji
• Beslenme
• Duyusal Analiz
• Gıda Güvenliği
• Su Ürünleri
• Gıda Pazarlama
• Gıda Ambalajlama
• Gıda Yönetmeliği
• Sürdürülebilirlik ve Atık Değerlendirme
Author Guidelines
Dergiye makale göndermek için;
- Site içerisinde yayınlanan şablon dosyası indirilerek üzerinde çalışılması ve dergiye Microsoft Word uzantılı (.doc veya .docx) dosya şeklinde gönderilmesi,
-Hakem öneri formunun doldurulması,
-Yazarlar telif hakkını dergiye transfer etmektedir.
- Şablon dosyasındaki yönergeler takip edilerek çalışma dosyasının hazırlanması,
- Kaynakçanın APA stilinde oluşturulması gerekmektedir. Zotero, Endnote veya Mendeley gibi bir kaynak yönetim programı kullanılabilir ancak makalenin dergiye yüklenmesinden önce ilgili programdan çıkış yapılmalıdır.
- Makalenin iThenticate veya diğer benzerlik programları ile analizi sonucunda toplam benzerlik düzeyi %20 altında olmalıdır.
Ethical Principles and Publication Policy
Etik Kurallar ve Yayın Politikası
1. Sosyal bilimler dâhil olmak üzere tüm bilim dallarında yapılan araştırmalar için ve etik kurul kararı gerektiren klinik ve deneysel insan ve hayvanlar üzerindeki;
Anket, mülakat, odak grup çalışması, gözlem, deney, görüşme teknikleri kullanılarak katılımcılardan veri toplanmasını gerektiren nitel ya da nicel yaklaşımlarla yürütülen her türlü araştırmalar,
İnsan ve hayvanların (materyal/veriler dahil) deneysel ya da diğer bilimsel amaçlarla kullanılması,
İnsanlar üzerinde yapılan klinik araştırmalar,
Hayvanlar üzerinde yapılan araştırmalar,
Kişisel verilerin korunması kanunu gereğince retrospektif çalışmalar, için ayrı ayrı etik kurul onayı alınmış olmalı, bu onay makalede belirtilmeli ve belgelendirilmelidir.
İzinle ilgili bilgiler (kurul adı, tarih ve sayı no) makalenin “Yöntem” bölümünde ve ayrıca ilk/son sayfasında yer verilmelidir.
Makale yükleme esnasında, makale dosyasına ilave olarak Etik Kurul Onay dosyası da sisteme yüklenmelidir.
Ayrıca, olgu sunumlarında, bilgilendirilmiş gönüllü olur/onam formunun imzalatıldığına dair bilgiye makalede yer verilmesi gereklidir.
2. Makalede yasal/özel izin alınmasının gerekip gerekmediği belirtilmiş olmalıdır. Eğer, çalışma bir kurumda yapılan uygulamayı kapsıyor ise, ilgili kurumdan, hangi tarihte ve hangi karar veya sayı numarası ile izin alındığı açıkça belirtilmelidir.
3. Başkalarına ait ölçek, anket, fotoğrafların kullanımı için sahiplerinden izin alınması ve bunun makalede (kaynak gösterilerek) belirtilmesi gerekmektedir.
4. Makalenin iThenticate veya diğer benzerlik programları ile analizi sonucunda toplam benzerlik düzeyi %20 altında olmalıdır.
5. Yazar, Hakem ve Editörün etik kurallara uyması şarttır. ITU Journal of Food Science and Technology herhangi bir sayfa ücreti veya makale işleme ücreti vb. talep etmez. Dergi, makaleleri değerlendirmek için çift-kör hakemlik politikasını kullanır.
Yazarlar : Sadece ilgili çalışmaya katkı sağlayan kişiler yazar olarak dikkate alınmalıdır. Makale sonunda çıkar çatışması beyan edilmelidir.
Hakemler : Hakemler, çıkar çatışması ile ilgili olarak herhangi bir şüpheye düşmeleri durumunda değerlendirme süreci ile ilgili olarak Editöre danışmalıdır.
Editörler : Editör, Yardımcı Editör veya Alan Editörü, makaleyi değerlendirmek üzere en az 2 kişiyi hakem olarak atar. Makaleleri değerlendiren hakemlerin isimleri yazarlara bildirilmez. Editör, Yardımcı Editör veya Alan Editörü, makalelerin hakem değerlendirme sürecinin yönetilmesinden sorumlu olup herhangi bir çıkar çatışması tespit edilmesi halinde ilgili makaleyi ret etme hakkına sahiptirler.
6. Gönderilen makalelerde Araştırma ve Yayın Etiğine uyulduğuna kabul ve beyan etmiş sayılırlar.
7. Dergilere gönderilen bilimsel yazılarda, COPE (Committee on Publication Ethics)’un Editör ve Yazarlar için Uluslararası Standartları dikkate alınmalıdır.
8. Kullanılan fikir ve sanat eserleri için telif hakları düzenlemelerine riayet edilmesi gerekmektedir.
9. ITU Journal of Food Science and Technology açık erişimli bir dergi olup Dergipark'ın açık erişim bildirimlerini kullanmaktadır. Yazı yayımlandığı andan itibaren açık erişime açılır ve herhangi bir ücret ödemeden herkes yazıya erişebilir.
10. Makalenin sonunda; “Destek” veya “Teşekkür” ve “Çıkar Çatışması” beyanı verilmelidir.
“Destek” veya “Teşekkür” başlığında, eğer çalışma bir kurum veya BAP tarafından desteklenmiş ise destek proje numarasıyla birlikte belirtilmelidir.
Ayrıca, makalede yazar olarak yer almayıp, araştırmanın veri toplama vb. aşamasında destek olanlar var ise teşekkür edilebilir.
Çıkar çatışması konusunu açıklığa kavuşturmak için, yazarlar, makalenin sonunda herhangi bir “Çıkar Çatışması” olup olmadığı beyan edilmelidir.
11. Yapay Zeka Kullanım Beyanı
Üretken yapay zeka kullanılırken bilimsel etiğe uyulması önemlidir. GenAI'nin amacı ve kapsamı, hipotez geliştirme, tartışma, yorumlama ve uygulama gibi üst düzey beceri, deneyim ve uzmanlık gerektiren araştırma aşamalarını içermemelidir. GenAI, literatür taraması, veri analizi, çeviri veya dil kontrolü, veri etiketleme ve veri kalitesi değerlendirmesinde kullanılabilir, ancak ortaya çıkan metnin bilimsel doğruluğu, tutarlılığı ve tarafsızlığı konusundaki nihai sorumluluk yazar(lar)a aittir. Daha fazla bilgi için YÖK Etik Kılavuzu'na başvurabilirsiniz.
Üretken yapay zeka kullanılıyorsa:
a) Yazarlar, hangi aracın ve sürümün kullanıldığını ve çalışmanın hangi aşamasında uygulandığını belirtmelidir.
b) GenAI tarafından oluşturulan içerik, akademik titizlik ve etik standartlar doğrultusunda incelenmeli, kapsamlı bir şekilde kontrol edilmeli ve uygun şekilde belgelenmelidir.
c) İçeriğin doğruluğu yazar(lar)ın sorumluluğundadır.
d) İçerik eleştirel bir şekilde incelenmeli, GenAI'den kaynaklanan olası önyargılar araştırmacılar tarafından kapsamlı bir şekilde değerlendirilmeli ve onaylanmalıdır. Raporun içeriği, sonuçları ve argümanlarının sorumluluğu yazar(lar)a aittir.
Yazarlar, bu koşulları sağlamaları koşuluyla GenAI araçlarını kullanabilirler, ancak dergi yönetim kuruluna yazılı bir beyan ve bildirim sunmaları gerekmektedir.
Price Policy
Journal Boards
Baş Editör
Editör Yardımcıları
Yayın Kurulu
Prof. Zhao engages in molecular nutrition and pharmacology research on functional components, especially in the nutritional evaluation and application of phytochemicals from marine plants. The research is focusing on aging and related complex diseases (diabetes, obesity, liver injury, gout, tumors, neurodegenerative diseases, etc.) and carrying out the molecular mechanisms using non-coding RNA and multiple omics technology.
He has served as the principal investigator for more than 30 projects which are supported by several foundations such as the National Natural Science Foundation of China. He has published more than 250 peer-reviewed papers including 140+ Science Citation Index ones as the first or corresponding author. He also has published 7 academic books and has made more than 20 invited talks at international conferences. He has authorized 45 patents (13 Transferred) and other 20 are in application. His contribution has been honored by more than 20 awards including the first batch of young top-notch talents in the "Young Eagle Program" of Fujian Province and the Science Fund for Distinguished Young Scholars of Fujian Province and was featured among the cover stories of 2018 in the “Chemistry and Engineering News”. And he has been included in the years 2021-2024 list of the World’s Top 2% of Scientists, Wiley Outstanding Open Science Author of the Year 2022 and 2024. The total cited times of these papers are 9300+ with h index=54 (Google), and 7200+ with h index=51 (Scopus).
Danışma Kurulu
Sekreterya
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.