Mehmet Emin Mutlu 1986 yılında Anadolu Üniversitesi Mühendislik Mimarlık Fakültesinde Araştırma Görevlisi olarak çalışmaya başlamış, 1989 yılına kadar bu görevini sürdürmüştür. 1989 yılında bu görevinden istifa eden Mutlu, Açıköğretim Fakültesinde bilgisayar programcısı olarak çalışmaya başlamıştır. Aynı yıl Bilgisayar Destekli Eğitim (BDE) Biriminin kuruluş çalışmalarında görev alan Mutlu, 1999 yılına kadar BDE Biriminde Yönetici Yardımcılığı görevini sürdürmüştür. Bu dönemde 20 ayrı ilde açılan bilgisayar destekli eğitim laboratuvarları projesinin tasarımında ve uygulanmasında sorumluluk üstlenmiştir. 1999 yılında Açıköğretim Fakültesinde Öğretim Görevlisi kadrosuna ve BDE Birim Yöneticiliğine atanmıştır. 1999 yılında İnternete Dayalı Deneme Sınavları projesini geliştirerek Açıköğretim öğrencilerine ilk kez internet üzerinde eğitsel destek verilmesini sağlamıştır. 2001 yılında Türkiye’nin ilk internete dayalı önlisans programı olan Bilgi Yönetimi programının tasarımını ve faaliyete geçirilmesini koordine etmiş ve 2001-2002 öğretim yılında programa öğrenci alınmıştır. 2002 yılında Açıköğretim ders kitaplarının ve televizyon programlarının internet ortamında yayınlanmasına öncülük etmiş, 2003 yılında İnternete Dayalı Alıştırma Yazılımları Projesini başlatarak Açıköğretim öğrencilerinin internet ortamında sesli ve etkileşimli ders içerikleriyle ders çalışabilecekleri bir ortam sağlanmıştır. 2005 yılında Açıköğretim öğrencilerine internet ortamında sunulan çeşitli hizmetlerin Açıköğretim e-Öğrenme Portalı altında birleştirilmesine öncülük ederek, kısa zamanda Türkiye’nin en fazla kullanıcıya ve en fazla eğitsel içeriğe sahip e-Öğrenme portalının oluşması sürecini başarıyla yönetmiştir. İzleyen yıllarda Açıköğretimde e-Danışmanlık uygulaması, Açıköğretimde e-Ders üretimi, Açıköğretim e-Sertifika Programları, Yunusemre Açık Ders Malzemesi Portalı gibi projeleri hayata geçirilmesinde sorumluluk üstlenen Mutlu, aynı dönemde Türkçe Sertifika Programları projesinin BDE koordinatörlüğünü üstlenmiştir. Mutlu’nun Açıköğretim öğrencilerine internet ortamında verilen hizmetlerle ilgili çalışmaları Açıköğretimde e-öğrenmenin yaygınlaşmasına ve öğrenciler tarafından benimsenmesinde etkili olmuştur. Böylece, önceleri kitap, televizyon, yüz yüze akademik danışmanlık ve merkezi sınav bileşenlerine sahip olan Açıköğretim sistemine e-Öğrenme bileşenin eklenmesine öncülük ederek, Açıköğretim öğrencilerinin öğrenme süreçlerinde bilgi ve iletişim teknolojilerden etkin biçimde yararlanması sağlanmıştır. 2003 yılında yardımcı doçent olan ve 2004 yılında Açıköğretim Fakültesi Bilgisayar Destekli Eğitimden sorumlu dekan yardımcılığı görevine atanan Mutlu 2012 yılına kadar bu görevini sürdürmüştür. Mutlu 2013 yılında Açıköğretim Fakültesi Uzaktan Öğretim Bölümünde doçent, 2021 yılında aynı bölümde profesör ünvanına sahip olmuşur. Açık ve Uzaktan Öğrenme, Bilgisayar Destekli Eğitim ve e-Öğrenme konularında çok sayıda yayını olan Mutlu, bu alanlarda lisans ve lisansüstü dersler vermeye devam etmektedir. Mehmet Emin Mutlu günümüzde yaşam boyu öğrenenlerin kişisel olarak yararlanabilecekleri yöntem ve teknolojilerin geliştirilmesine yönelik Üniversite ve TÜBİTAK projelerine ağırlık vermektedir.